如何利用modeller对拥有两个不同亚基的四聚体蛋白进行建模

小鹏哥 · 发表于 2016-3-2 10:47:31

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如何利用modeller对拥有两个不同亚基的四聚体蛋白进行建模，求各位大神指导！

沈淼淼 · 发表于 2016-3-9 08:51:56

如果有多聚体的模板的话可以这样试试：
1.创建包含有4条链信息的目的序列，链与链之间用“/”分隔开。2.align模板与该目的序列，注意修改对齐的链：例如mdl = model(env, file='1234', model_segment=('FIRST:A','LAST

'))。3.如此得到的ali文件就是模板的4条链与目的序列4条链分别对齐的啦~用单模板建模即可~~
新手小白自己摸索的方法，如有不对请大神们指正

lrf1980 · 发表于 2016-3-2 15:49:13

能找得到一个四聚体模板么？

小鹏哥 · 发表于 2016-3-2 20:20:35

lrf1980 发表于 2016-3-2 15:49
能找得到一个四聚体模板么？

能找到，

lrf1980 · 发表于 2016-3-2 20:43:29

小鹏哥发表于 2016-3-2 20:20
能找到，

那你可以用这个模板建模啊，分开对不同的亚基建模，然后合并就好

小鹏哥 · 发表于 2016-3-2 20:45:02

lrf1980 发表于 2016-3-2 20:43
那你可以用这个模板建模啊，分开对不同的亚基建模，然后合并就好

能不能直接对多聚体建模？

lrf1980 · 发表于 2016-3-2 22:43:02

小鹏哥发表于 2016-3-2 20:45
能不能直接对多聚体建模？

我不会，所以给不了你建议

小鹏哥 · 发表于 2016-3-3 13:44:39

lrf1980 发表于 2016-3-2 22:43
我不会，所以给不了你建议

好吧，modeller里面的教程里有

lrf1980 · 发表于 2016-3-6 19:47:47

小鹏哥发表于 2016-3-3 13:44
好吧，modeller里面的教程里有

那把你的建模过程分享一下，让大家学习。：）

征程獒 · 发表于 2016-4-23 20:29:32

你的modeller是多少版？，能分享给我吗？我找了好几天了，网上好少，我的邮箱779553593@qq.com

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