活性中心含有金属钴离子和非标准氨基酸的蛋白...

wuxiczy · 发表于 2016-3-1 14:17:56

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如题我是个新手建模对象是一种金属酶腈水合酶用过DS easymodeller等可是建模完了活性中心就和模板不一样了原始的活性中心含有钴离子钴离子还结合着两个氧化的半胱氨酸残基请教各位虫友这种金属酶的同源建模应该如何操作呢？谢谢大家了

lrf1980 · 发表于 2016-3-1 14:44:41

建议将模板，要建模的蛋白信息，建模过程及步骤都贴出来，否则很难帮你找到问题所在。

wuxiczy · 发表于 2016-3-1 15:04:04

lrf1980 发表于 2016-3-1 14:44
建议将模板，要建模的蛋白信息，建模过程及步骤都贴出来，否则很难帮你找到问题所在。 ...

谢谢回复~

模板来源于晶体库 PDB ID：3QXE
模板序列HDHHHDGYQAPPEDIALRVKALESLLIEKGLVDPAAMDLVVQTYEHKVGPRNGAKVVAKAWVDPAYKARLLADGTAGIAELGFSGVQGEDMVILENTPAVHNVFVCTLXSXYPWPTLGLPPAWYKAAPYRSRMVSDPRGVLAEFGLVIPANKEIRVWDTTAELRYMVLPERPAGTEAYSEEQLAELVTRDSMIGTGLPTQP/MNGIHDTGGAHGYGPVYREPNEPVFRYDWEKTVMSLLPALLANGNFNLDEFRHSIERMGPAHYLEGTYYEHWLHVFENLLVEKGVLTATEVATGKAASGKTATPVLTPAIVDGLLSTGASAAREEGARARFAVGDKVRVLNKNPVGHTRMPRYTRGKVGTVVIDHGVFVTPDTAAHGKGEHPQHVYTVSFTSVELWGQDASSPKDTIRVDLWDDYLEPA
红色的X为活性中心两个被氧化的半胱氨酸残基CSD

目标序列只是想在模板序列上突变一个氨基酸步骤就是用的easymodeller 输入目标序列然后输入模板pdb文件比对建模结果活性中心的钴离子和CSD的配位结合的整个结构就散了和原始pdb中的不一样了

希望能给我指导谢谢~

wuxiczy · 发表于 2016-3-1 15:05:52

模板来源于晶体库 PDB ID：3QXE
模板序列HDHHHDGYQAPPEDIALRVKALESLLIEKGLVDPAAMDLVVQTYEHKVGPRNGAKVVAKAWVDPAYKARLLADGTAGIAELGFSGVQGEDMVILENTPAVHNVFVCTLXSXYPWPTLGLPPAWYKAAPYRSRMVSDPRGVLAEFGLVIPANKEIRVWDTTAELRYMVLPERPAGTEAYSEEQLAELVTRDSMIGTGLPTQP/MNGIHDTGGAHGYGPVYREPNEPVFRYDWEKTVMSLLPALLANGNFNLDEFRHSIERMGPAHYLEGTYYEHWLHVFENLLVEKGVLTATEVATGKAASGKTATPVLTPAIVDGLLSTGASAAREEGARARFAVGDKVRVLNKNPVGHTRMPRYTRGKVGTVVIDHGVFVTPDTAAHGKGEHPQHVYTVSFTSVELWGQDASSPKDTIRVDLWDDYLEPA
红色的X为活性中心两个被氧化的半胱氨酸残基CSD

目标序列只是想在模板序列上突变一个氨基酸步骤就是用的easymodeller 输入目标序列然后输入模板pdb文件比对建模结果活性中心的钴离子和CSD的配位结合的整个结构就散了和原始pdb中的不一样了

求各位大神指导

lrf1980 · 发表于 2016-3-2 15:20:45

本帖最后由 lrf1980 于 2016-3-2 15:48 编辑

要突变哪个氨基酸？
直接在pymol做突变就好步骤:点击wizard-----选mutagenise------选中一个氨基酸-----mutate to ala ----apply ----done-----保存成pdb

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