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[其他] 对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配...

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发表于 2016-1-5 09:26:22 | 显示全部楼层 |阅读模式

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大家好:
      目前我在研究一个配体-受体结合的体系,配体结构固定,我需要将受体的binding site氨基酸进行饱和突变(大概6、7个氨基酸),从中筛选出能够增强与配体亲和力的突变组合,请问以下软件哪个最好:DS,MOE,Schrodinger,或者还有其他更好的软件推荐也行,最好是Windows系统下的。
      我查到文献上用MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小,请问这个方法是目前为止最好的方法吗?是否有更好的方法?以上软件哪个可以使用这种方法?

谢谢大家!
发表于 2016-1-5 15:01:22 | 显示全部楼层
首先,你的这个内容属于分子动力学研究范围,你写出来的软件都可以做。至于亲和力的判断不能说谁是最好的方法,只能说哪个方法更适合你的体系。分迪科技代理的YASARA可能是最物美价廉的做分子动力学和突变研究的软了:)推荐。
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