对受体蛋白做定向进化/虚拟氨基酸突变以提高与配...

tianflame2010

大家好：
      目前我在研究一个配体-受体结合的体系，配体结构固定，我需要将受体的binding site氨基酸进行饱和突变（大概6、7个氨基酸），从中筛选出能够增强与配体亲和力的突变组合，请问以下软件哪个最好：DS，MOE，Schrodinger，或者还有其他更好的软件推荐也行，最好是Windows系统下的。
      我查到文献上用MM/PBSA的方法计算binding energy以此判断亲和力的大小，请问这个方法是目前为止最好的方法吗？是否有更好的方法？以上软件哪个可以使用这种方法？

谢谢大家！

川大-灰太狼

首先，你的这个内容属于分子动力学研究范围，你写出来的软件都可以做。至于亲和力的判断不能说谁是最好的方法，只能说哪个方法更适合你的体系。分迪科技代理的YASARA可能是最物美价廉的做分子动力学和突变研究的软了：）推荐。