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[YASARA] YASARA对接过程中提示超过96A,找activesite如何处理

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发表于 2015-12-29 21:12:08 | 显示全部楼层 |阅读模式

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YASARA对接过程中提示:a cell axis is longer than 96A, which may reduce docking accuracy. Consider focusing on the active site.
之后Docking on 2 CPU cores with VINA in progress, 0 of 25 runs completed.

如何解决这个问题?
active site如何设定?
发表于 2015-12-30 20:37:38 | 显示全部楼层
把box设置得小些,包裹住活性位点即可。这个只是说当你设置大了,对接的准确度会降低,因为你是进行了大盒子宽范围的活性位点搜索。
发表于 2017-6-24 22:44:40 | 显示全部楼层
怎样才能把box设置得小些
发表于 2018-7-14 10:41:02 | 显示全部楼层
hjunlzr 发表于 2017-6-24 22:44
怎样才能把box设置得小些

保存受体前先设好BOX,然后保存受体文件为sce格式
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