YASARA对接过程中提示超过96A，找activesite如何处理

秋水若寒 · 发表于 2015-12-29 21:12:08

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YASARA对接过程中提示：a cell axis is longer than 96A, which may reduce docking accuracy. Consider focusing on the active site.
之后Docking on 2 CPU cores with VINA in progress, 0 of 25 runs completed.

如何解决这个问题？
active site如何设定？

川大-灰太狼 · 发表于 2015-12-30 20:37:38

把box设置得小些，包裹住活性位点即可。这个只是说当你设置大了，对接的准确度会降低，因为你是进行了大盒子宽范围的活性位点搜索。

hjunlzr · 发表于 2017-6-24 22:44:40

怎样才能把box设置得小些

白杨 · 发表于 2018-7-14 10:41:02

hjunlzr 发表于 2017-6-24 22:44
怎样才能把box设置得小些

保存受体前先设好BOX，然后保存受体文件为sce格式

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[YASARA] YASARA对接过程中提示超过96A，找activesite如何处理

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