PyMOL中的APBS插件具体使用方法简介

大工-阿里巴巴 · 发表于 2013-4-19 20:27:06

qian430 发表于 2013-4-17 09:22

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阿里哥，我试了下，有个问题问下哈。你举的这个例子是单个蛋白，可是我拿蛋白小分子复合物来试显示的是包括 ...

经过和qian的QQ交流，在qian的启发下对蛋白-配体复合物的表面电势图派生进行了研究。如果要显示两者结合在一起时的表面电势图，直接按照以上方法进行即可。如果配体结合在蛋白表面，想单独让配体以stick的形式显示的话，需要先在pymol中选中配体，然后在action里选择extract object.这样配体就是作为一个单独的object存在。此时，在apbs tools里选择update "maps and molecules"里的molecules，就可以看到多了一个ob01的选项，这样就可以自由控制两者分别的静电表面显示了。

奮乧⒈貹 · 发表于 2014-3-1 17:51:16

首先感谢阿里师兄的教程。通过几天的尝试，之前的pymol版本是1.3的，做了好多次，都是出现错误，我又换了个比较低一点的版本，0.99的，这次可以了。

herodata · 发表于 2014-3-5 17:30:11

潇子涵 · 发表于 2015-1-4 23:15:55

阿里兄，想请教你我的pymol一作APBS就程序报错。能不能提供一下可用的软件试试看，谢谢！我是新手，请多指教。

xjzhu · 发表于 2016-7-7 13:26:57

谢谢啊，东西很好

猪猪侠爱科学 · 发表于 2016-9-2 21:45:10

你好，在pymol自带的action-generate-vaccum elec...中也可以得到蛋白表面电势，这个用的也是apbs，你觉得两种方法有区别吗

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