SDF文件切割程序

maoboo · 发表于 2015-11-9 16:12:21

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

本帖最后由 maoboo 于 2016-7-8 17:45 编辑

大家做药物虚拟筛选的时候经常需要处理很大的sdf格式的分子数据库文件，我使用python2.7写了一个sdf切割程序。可以将sdf属性中保存的分子名存到分子中，可以将分子名中的"/"替换为"_"，（主要用于specs小分子数据库）。
使用方法：
python sdfsplit.py inputfile outfile threshold [-na nametag -nc]
必选参数
inputfile为输入文件，outfile为输出文件（可不带后缀名）， threshold为每个文件保存的分子数。
可选参数
-na 是不是要向分子中添加属性中保存的名称，nametag是该属性的名字
-nc 是不是要将分子名称中的"/"替换为"_"
目前仅支持命令行操作，ubuntu下测试有效。
脚本中有我的联系方式，有什么疑问或者建议可以email我。

2016年7月8日
更新了sdfsplit.py脚本文件，优化了运行速度，添加了按步骤运行脚本的方法。
运行需要安装python 2.7.
安装python2.7 之后可将sdfsplit.py脚本复制到sdf文件夹下双击打开，根据提示输入信息即可运行。

lianjin1989 · 发表于 2015-11-9 16:24:35

{:soso_e179:}

lianjin1989 · 发表于 2015-11-9 16:25:17

不错哦，自己可以写啦

lianjin1989 · 发表于 2015-11-9 16:26:24

真的很好，很方便啊，虽然我暂时用不到，学习一下！

laoman · 发表于 2015-11-10 18:53:05

收藏了~~

lrf1980 · 发表于 2015-11-21 07:47:24

本帖最后由 lrf1980 于 2015-11-21 07:49 编辑

这个也可以用过openbabel将sdf转换成mol2，然后用raccoon的split mol2来实现分子切割，然后再用openbabel将mol2转回sdf，有点麻烦就是。

therotyonth · 发表于 2015-11-25 21:43:02

非常实用的程序，我前段时间还在写一个分割脚本弄的人很憔悴呀！有了你这个至少在做自己的东西的时候有了参考。

maoboo · 发表于 2015-12-17 21:53:43

therotyonth 发表于 2015-11-25 21:43
非常实用的程序，我前段时间还在写一个分割脚本弄的人很憔悴呀！有了你这个至少在做自己的东西的时候有了参 ...

一个小的切割文件程序我定义了两个类，弄的有点复杂，不要误导你才好啊……

xufund · 发表于 2016-4-25 22:50:39

支持原创！买了

mliwang · 发表于 2016-5-1 21:06:38

刚刚在win7下试了真的可以

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册

[虚拟筛选] SDF文件切割程序

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

评分