对工大-阿里巴巴同源建模结果分析的补充

tanwen

前面阿里哥对同源建模和结果分析已经做了很好的总结，其中他提供的一个在线评价模型的网址（http://nihserver.mbi.ucla.edu/SAVES/）很不错，我就默默的学习了一下，其中遇到了一些阿里哥没有提到的评价方式，我就在此简单的说一下：
1、G-factor，这是一个评价模型中共价键及键角存在的构象是否合理的参数，通常情况下，当拉式图中处于Core 范围的概率高于 90%时，才会是一个高质量的模型。G-factor 中三个参数都大于-0.5 的时候，就表示是一个可靠的模型。
2、PROSA 程序评价结果的图中，会显示出目前在 PDB 数据库中所有的实验已经确定的与目标模型大小相似的蛋白结构链的 Z-score，并形成一个分布区，如果目标模型的 Z-score 落入这个分布区，则模型结构是合理的。

希望对大家稍微有点儿帮助，哪儿有不准确的地方，欢迎各位大侠的指正……

大工-阿里巴巴

哈哈~鼓励补充啊！一起努力！

adamlpf

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-25 09:23

                               
登录/注册后可看大图

哈哈~鼓励补充啊！一起努力！

阿里老师您好：
我有一个问题请教一下您，望给予指导。我是用Modeller9.13建模，运行时出现下面问题：
Traceback<most recent call last>:
File"compare.py", line17, in?
aln.malign3d()
File"C:\Program Files\Modeller9.13\modlib\modeller\alignment\py", line 338, in malign3d
edit_file_ext>
_modeller.ModellerError:fit2xyz_296E>Number of equivalent positions<3:0

这是我在运行compare.py中的报错信息，自己不能解读其问题，麻烦您给指点一下。

adamlpf

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-25 09:23

                               
登录/注册后可看大图

哈哈~鼓励补充啊！一起努力！

阿里老师您好：
我有一个问题请教一下您，望给予指导。我是用Modeller9.13建模，运行时出现下面问题：
Traceback<most recent call last>:
File"compare.py", line17, in?
aln.malign3d()
File"C:\Program Files\Modeller9.13\modlib\modeller\alignment\py", line 338, in malign3d
edit_file_ext>
_modeller.ModellerError:fit2xyz_296E>Number of equivalent positions<3:0

这是我在运行compare.py中的报错信息，自己不能解读其问题，麻烦您给指点一下。

大工-阿里巴巴

adamlpf 发表于 2014-3-24 21:03

                               
登录/注册后可看大图

阿里老师您好：
我有一个问题请教一下您，望给予指导。我是用Modeller9.13建模，运行时出现下面问题：
Tr ...

你是做多模板建模吗？这个情况一般是多个模板之间的overlap太低了~换言之，就是这几个模板的结构相似性和可比对的区域太少了诶

adamlpf

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-24 23:18

                               
登录/注册后可看大图

你是做多模板建模吗？这个情况一般是多个模板之间的overlap太低了~换言之，就是这几个模板的结构相似性和 ...

谢谢阿里老师

qiujingwen90

阿里哥你好，我的目标蛋白序列性很低，现在想要用Modeller进行多模版建模，需要参考Modeller的高级教程是吗，可是高级教程里很多参数设置问题不知道哪里需要改的，求帮助

976463357wxx

很好的帖子，谢谢

976463357wxx

很好的帖子

smiling

大工-阿里巴巴 发表于 2014-3-24 23:18
你是做多模板建模吗？这个情况一般是多个模板之间的overlap太低了~换言之，就是这几个模板的结构相似性和 ...

那这种情况该怎么处理？我也遇到这种情况。