分子对接求助

只为神伤 · 发表于 2015-10-14 19:26:26

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各位，本人筛选到一种药物代谢的P450酶，希望通过分子对接解释P450亚型对药物底物降解的特异性，但我现有的autodock软件做对接时需要删除杂原子，而P450酶的活性中心是卟啉铁，因此不能做。请问是否有能够保留杂原子（金属原子）的对接软件？跪求，万分感谢！

lrf1980 · 发表于 2015-10-15 09:12:58

Ledock, GOLD

zhouling1019 · 发表于 2016-1-1 19:04:57

您好，我刚开始学autodock,我想问问在活性位点附近做autodock的话：在设置gridbox时，需要把配体和活性中心都包含进去吗？还是只是把活性中心包含进去？

sss · 发表于 2016-3-17 11:30:58

viger87 发表于 2015-10-16 11:33
首先，卟啉铁部分不是杂原子，是p450的一部分，而且是活性中心，所以不需要删除。
其次，autodock是可以做 ...

您好！我是对接菜鸟一枚，我想请问下怎么可以把配体放进已知的结合位点中？

pineapple · 发表于 2017-4-5 10:35:51

viger87 发表于 2016-4-6 12:26
autodock对接前要设置对接的盒子啊，这个盒子包含你的活性位点就可以了。

你好，可以讲解一下么？在设置盒子的时候是导入进去蛋白和配体都导进去是么？然后包盒子是全包蛋白和配体？为什么你说的只包活性中心就行呢？

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