modeller建模如何包含模板中的水分子？

greatzdl · 发表于 2015-9-24 12:28:02

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本帖最后由 greatzdl 于 2015-9-26 16:10 编辑

如题。另外，如果因为加上
env.io.water=true使得序列比对出现混乱，如何解决呢？
小白期待高手解答。

greatzdl · 发表于 2015-9-24 13:20:31

加一问
遇有非标准氨基酸残基，如何将模板中的非标准残基拷贝到模型中？
尽量使用modeller，让它生成，而非自己手动去弄。

greatzdl · 发表于 2015-9-24 13:21:40

@lrf1980

lrf1980 · 发表于 2015-9-24 20:27:39

序列比对跟加水应该没有关系吧？加水的步骤只是在建模的时候添加上面的命令。所以没有明白你的情况。

lrf1980 · 发表于 2015-9-24 20:29:27

greatzdl 发表于 2015-9-24 13:20
加一问
遇有非标准氨基酸残基，如何将模板中的非标准残基拷贝到模型中？
尽量使用modeller，让它生成，而非 ...

是模板里有非标准氨基酸，还是你想建模的蛋白质里有非标准氨基酸？

greatzdl · 发表于 2015-9-25 09:13:30

lrf1980 发表于 2015-9-24 20:27
序列比对跟加水应该没有关系吧？加水的步骤只是在建模的时候添加上面的命令。所以没有明白你的情况。 ...

我比较了
env.io.water=true 和false
两种情况，true的时候比false多了很多mismatch，甚至有十几个氨基酸没有匹配。
不知道是不是我哪一步处理错了。

greatzdl · 发表于 2015-9-25 09:14:44

lrf1980 发表于 2015-9-24 20:29
是模板里有非标准氨基酸，还是你想建模的蛋白质里有非标准氨基酸？

模板里有，想把模板里的复制到模型上。
不知道有没有什么办法？
大牛指点

lrf1980 · 发表于 2015-9-25 17:35:23

greatzdl 发表于 2015-9-25 09:14
模板里有，想把模板里的复制到模型上。
不知道有没有什么办法？
大牛指点 ...

能把序列的alignment发出来看看么？

greatzdl · 发表于 2015-9-26 16:10:57

lrf1980 发表于 2015-9-25 17:35
能把序列的alignment发出来看看么？

按照兄的指点，果真如此

lrf1980 · 发表于 2015-9-27 22:29:06

greatzdl 发表于 2015-9-26 16:10
按照兄的指点，果真如此

hoho。把解决办法整理分享出来，避免大家走弯路：）

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