对接后相互作用里分析

雨枫 · 发表于 2012-11-21 09:01:39

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用DS建模后并CDOCKER，进行分子对接，拿到的模型进行了能量优化，用ligplus进行了二维相互作用的分析展示。但是，只显示有疏水作用，如下图。实验证明是蛋白对底物是有活性的，这种只有疏水作用的模捕获.PNG

型正常吗？还是我的对接有问题？谢谢。

川大-灰太狼 · 发表于 2012-11-21 09:57:43

你需要仔细设置对接参数（提高计算构象的搜索数目等）和挑选对接的构象，否则就会被计算的结果误导。

SYPHU_me · 发表于 2012-11-21 12:17:26

个人觉得不能只用一种软件来看ligand和protein之间的呈现方式，因为不同看图软件设置的参数不太相同。
1. 你这应该只看一种构象的2D结果吧！多看几种构象。
2. 用pymol或者其它看图软件等再看看。

雨枫 · 发表于 2012-11-21 12:44:21

川大-灰太狼发表于 2012-11-21 09:57

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你需要仔细设置对接参数（提高计算构象的搜索数目等）和挑选对接的构象，否则就会被计算的结果误导。 ...

我在选择构象的时候不仅仅是根据docking的结果来选的，还根据文献中报道的同家族蛋白的晶体结构及相互作用模式来选的

雨枫 · 发表于 2012-11-21 12:45:45

SYPHU_me 发表于 2012-11-21 12:17

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个人觉得不能只用一种软件来看ligand和protein之间的呈现方式，因为不同看图软件设置的参数不太相同。
1. ...

多种构象如何产生呢？是指对接后的多种构象还是有其他方法产生多构象呢？

大工-阿里巴巴 · 发表于 2012-11-21 14:47:03

我觉得PSA姐的意思是多用几种软件来显示配体和受体之间的相互作用，比如DS自带的那个，还有MOE的~等等~因为不同的软件对于氢键的默认情况是不一样的，主要包括两个参数，一个是氢键供体和受体的角度，一个是两者的距离~同时，别的软件还有能显示π-π共轭作用等相互作用力的模式~雨枫姐可以试试

雨枫 · 发表于 2012-11-21 15:10:38

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-21 14:47

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我觉得PSA姐的意思是多用几种软件来显示配体和受体之间的相互作用，比如DS自带的那个，还有MOE的~等等~因为 ...

got it, thanks a lot. heihei

SYPHU_me · 发表于 2012-11-21 16:30:58

雨枫发表于 2012-11-21 12:45

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多种构象如何产生呢？是指对接后的多种构象还是有其他方法产生多构象呢？ ...

通常情况下你对接一个分子会给出比如5中构象，打分不同，所以可以都看看（有的构象没有氢键显示，有的就有），不一定分最高就是最好的。不知道偶是否阐述明白O(∩_∩)O~

雨枫 · 发表于 2012-11-21 17:21:27

SYPHU_me 发表于 2012-11-21 16:30

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通常情况下你对接一个分子会给出比如5中构象，打分不同，所以可以都看看（有的构象没有氢键显示，有的就 ...

明白，我选的时候留意了这一点。谢谢哦

雨枫 · 发表于 2012-11-22 10:02:11

大工-阿里巴巴发表于 2012-11-21 14:47

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我觉得PSA姐的意思是多用几种软件来显示配体和受体之间的相互作用，比如DS自带的那个，还有MOE的~等等~因为 ...

又试了一下DS，确实是不同的软件结果不一样呀

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