无同源蛋白的蛋白质如何进行三维结构建模

cheor3war · 发表于 2015-9-21 14:06:44

马上注册，结交更多好友，下载更多分子模拟资源。

您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？我想注册

x

各位好手里只有一个序列，blast没有找到同源蛋白。如果使用从头计算进行建模是该如何操作呢

天理-小新 · 发表于 2015-9-22 09:42:21

想进行从头设计，有两个软件可以解决，一个是rosetta。另外一个就是I-TASSER. 可以网上提交，远程服务器帮你计算，最后返回结果给你。也可以下载程序，直接自己手动操作。不知道你的残基有多长？从头设计效果不是很好，选择最后结构模型也没有实验做为标准依据，只能根据构象统计数据选择最终模型。如果可以，还是尽量寻找与结构相关的信息，以提高模型准确度。

墨竹晓风 · 发表于 2015-9-22 13:40:34

天理-小新发表于 2015-9-22 09:42
想进行从头设计，有两个软件可以解决，一个是rosetta。另外一个就是I-TASSER. 可以网上提交，远程服务器帮 ...

我有段300多残基的序列，提交到Robetta后，自动分成3个domain建模了，没有连在一起。请问你遇到过吗？谢谢

greatzdl · 发表于 2015-9-22 13:51:47

建议还是放弃吧

天理-小新 · 发表于 2015-9-22 14:16:18

墨竹晓风发表于 2015-9-22 13:40
我有段300多残基的序列，提交到Robetta后，自动分成3个domain建模了，没有连在一起。请问你遇到过吗？谢 ...

我没遇到过呢，主要我做的时候，不是用web提交的，是用的软件，所以没有这种问题。

墨竹晓风 · 发表于 2015-9-22 14:25:06

天理-小新发表于 2015-9-22 14:16
我没遇到过呢，主要我做的时候，不是用web提交的，是用的软件，所以没有这种问题。 ...

哦，好的。我试试直接用软件吧。谢谢

帐号		自动登录	找回密码
密码			我想注册