LigPlus 导入pdb 文件后 出现问题。。。

ybr5520

     我将对接后的 dlg 文件保存为 pdb文件（用MGLtools：save-write PDB）后； 用LigPlus 软件打开（能打开）后，但是只有小分子配体的结构 ， 没有蛋白残基。。。。

     

   是我导入的 pdb 文件的问题？  还是 LigPlus 软件使用过程的中的问题呢？
   请各位  使用过 和 对该软件了解的朋友 帮忙解答，谢谢！

file:///C:\Users\Administrator\Documents\Tencent Files\1274606333\Image\C2C\M)E9%CZ]IL}6T$ZAI)25CXN.png

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bioqiuqiu123

我的结果是autodock对接后，用pymol 把蛋白和配体保存成一个PDB 的复合体的， 在ligplot一运行就出现not found C:\tmp。。。。。。之类的一句话，看了论坛上的各种安装方法，也重新建了tmp文件，还是不行，如果单独运行一个PDB格式的蛋白，又显示正常，各种键都能分析出来，有木有人帮我一把

川大-灰太狼

估计是你只导出了配体分子而不是复合物。

ybr5520

谢谢了，该问题我自己解决了。

greatzdl

解决了 就把帖子分类 改成已解决呗
对自己和别人都算是负责任的表现

341176

ybr5520 发表于 2015-9-18 22:21
谢谢了，该问题我自己解决了。

同学您好，我也遇到同样的问题了。我把autodock后的结果保存为PDB后用ligplus打开，只看到配体，无法看到残疾。请问你是怎么解决的。方便的话，留下联系方式，谢谢了