求助！pymol中如何实现在氨基酸残基上加修饰分子？

anwidy · 发表于 2015-9-8 17:12:08

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请问，我有一个蛋白质结构，鉴定到后修饰，现在需要在这个蛋白质的这个特定的氨基酸上面把这个后修饰的分子加上去，看对蛋白质的影响，但是这个分子怎么加到那个氨基酸残基上?
如图：

蛋白质A

十万火急，求助各位！谢谢帮助

greatzdl · 发表于 2015-9-9 10:16:47

lrf1980 发表于 2015-9-8 21:59
问问灰大大。哈哈，没有具体做过，所以不敢瞎给建议

不需要动力学吧？他可能仅仅是想构建个加上修饰分子的结构而已。
如果是这个目的，可以选中分子，drag，将分子拽到你要修饰的残基附近，
调整好介入的角度，然后使用build面板，连接一根键，最后优化一下即可吧。

lrf1980 · 发表于 2015-9-9 12:33:34

greatzdl 发表于 2015-9-9 10:16
不需要动力学吧？他可能仅仅是想构建个加上修饰分子的结构而已。
如果是这个目的，可以选中分子，drag， ...

我觉得这么大个分子加进去，简单的优化应该不能得到很好的结果吧。

lrf1980 · 发表于 2015-9-10 07:26:04

本帖最后由 lrf1980 于 2015-9-11 07:03 编辑

greatzdl 发表于 2015-9-9 19:15
应该是，不过动力学又能何如呢？看他怎么用这个结构了。

同意5楼，动力学只是提供更多的可能数据，重点还是怎么用结果。结合多方面的信息和数据做猜想和判断。

lrf1980 · 发表于 2015-9-8 19:53:09

这个要做动力学模拟来研究

anwidy · 发表于 2015-9-8 20:01:08

lrf1980 发表于 2015-9-8 19:53
这个要做动力学模拟来研究

请问大概是怎样的流程

lrf1980 · 发表于 2015-9-8 21:59:41

anwidy 发表于 2015-9-8 20:01
请问大概是怎样的流程

问问灰大大。哈哈，没有具体做过，所以不敢瞎给建议

greatzdl · 发表于 2015-9-9 19:15:46

lrf1980 发表于 2015-9-9 12:33
我觉得这么大个分子加进去，简单的优化应该不能得到很好的结果吧。

应该是，不过动力学又能何如呢？看他怎么用这个结构了。

greatzdl · 发表于 2015-9-10 09:04:45

lrf1980 发表于 2015-9-10 07:26
同意楼主，动力学只是提供更多的可能数据，重点还是怎么用结果。结合多方面的信息和数据做猜想和判断。 ...

同意你的观点
但是我不是楼主哦，我是5楼

anwidy · 发表于 2015-9-11 11:21:27

greatzdl 发表于 2015-9-9 10:16
不需要动力学吧？他可能仅仅是想构建个加上修饰分子的结构而已。
如果是这个目的，可以选中分子，drag， ...

谢谢，你真是帮大忙啦

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