autodock对接是否可以一次大量对接？

prince好先森 · 发表于 2015-9-8 10:37:39

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autodock是不是可以通过编程一次进行大量的对接，通过编程实现？
有没有知道的大神，分享一下资源

lrf1980 · 发表于 2015-9-9 12:35:08

prince好先森发表于 2015-9-9 08:33
我学的autodock autodock我看了写的脚本有点蒙！autodock vina很easy吗？

autodock vina 比autodock容易很多。
我觉得版上的ledock也是个很好的选择。配置更加的容易。版主大人还是软件作者。：）

greatzdl · 发表于 2015-9-10 09:03:23

prince好先森发表于 2015-9-10 08:43
我也是选择short的并行版什么意思？

autodock官方有几个并行版本，你可以找来编译一下。其他课题组似乎也有将autodock并行化的可以尝试寻找

prince好先森 · 发表于 2015-9-10 08:43:55

greatzdl 发表于 2015-9-9 19:20
可以设置的比较宽松点啊，比如short模式，平均一个分子也就5分钟吧
可以尝试使用并行版的 ...

我也是选择short的并行版什么意思？

lrf1980 · 发表于 2015-9-8 19:54:55

用autodock vina啊

prince好先森 · 发表于 2015-9-9 08:33:53

lrf1980 发表于 2015-9-8 19:54
用autodock vina啊

我学的autodock autodock我看了写的脚本有点蒙！autodock vina很easy吗？

greatzdl · 发表于 2015-9-9 09:39:09

autodock和vina都可以实现，请使用Raccoon

lrf1980 · 发表于 2015-9-9 12:35:27

greatzdl 发表于 2015-9-9 09:39
autodock和vina都可以实现，请使用Raccoon

autodock计算速度太慢了

greatzdl · 发表于 2015-9-9 19:20:27

lrf1980 发表于 2015-9-9 12:35
autodock计算速度太慢了

可以设置的比较宽松点啊，比如short模式，平均一个分子也就5分钟吧
可以尝试使用并行版的

prince好先森 · 发表于 2015-9-10 08:42:33

lrf1980 发表于 2015-9-9 12:35
autodock vina 比autodock容易很多。
我觉得版上的ledock也是个很好的选择。配置更加的容易。版主大人还 ...

我老师让我学的autodock

prince好先森 · 发表于 2015-9-10 08:43:19

greatzdl 发表于 2015-9-9 09:39
autodock和vina都可以实现，请使用Raccoon

Raccoon是什么东东

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[AutoDock&Vina] autodock对接是否可以一次大量对接？