libdock之后进行动力学分析

frong · 发表于 2015-8-15 13:41:33

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我做了libdock之后有，最高分有209的，180以上有7个，这样意味着什么呢，是好结果？

还有想进一步做分子动力学的时候，怎么把最高分的构象和受体结合成复合物呢，如果不是复合物好像做不了复合物就没法进一步做动力学模拟啊?

所以在这里想请教各位大侠，DS跑完libdock之后要如何操作才能配体和受体结合的做动力学模拟呢。不胜感激啊

墨竹晓风 · 发表于 2015-8-27 14:56:06

这个题目有点大。建议看看关于AMBER或gromacs软件的操作后，再细化下问题。
另外，分子动力学模拟预准备工作，小分子和蛋白质是分别的两个文件，不用合成复合物。

wangpengfei · 发表于 2015-8-31 19:12:51

libdock非常之不准。。。
建议好的挑出来cdock

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