YASARA 新功能发布-增加对Amber轨迹转换的支持

lrf1980

°	Convert between Sim, XTC, MDCrd and PDB simulation trajectories

This macro converts an existing MD trajectory between various formats. Supported are conversions between YASARA Sim, GROMACS XTC and AMBER MDCrd trajectories, as well as conversion to PDB files
Written by: Elmar Krieger
License: GNU GPL
Last modified: 2015/07/12
Download: md_convert.mcr

http://www.yasara.org/md.htm#HeadTarget

大家快去更新下载吧

川大-灰太狼

哈哈，赖兄，好快速的消息！支持。

lrf1980

川大-灰太狼 发表于 2015-8-11 21:22
哈哈，赖兄，好快速的消息！支持。

我准备来测试一下amber跟yasara的对比呢，无奈amber的pmemd.cuda安装不顺利。哈哈，继续奋斗

wangmoye1991

麻烦问一下这个要怎么下载呢？需不需要收费？可以把mdrd转换成pdb文件吗？

lrf1980

wangmoye1991 发表于 2015-9-22 10:15
麻烦问一下这个要怎么下载呢？需不需要收费？可以把mdrd转换成pdb文件吗？

你如果购买了这个软件，可以根据购买提供的序列号去yasara的更新网站上下载。mdcrd转换成pdb，amber自己就能做，yasara的轨迹文件，yasara自己也能转成pdb，所以没有明白为什么需要通过yasara来实现mdcrd到pdb的转换。

wangmoye1991

lrf1980 发表于 2015-9-22 12:59
你如果购买了这个软件，可以根据购买提供的序列号去yasara的更新网站上下载。mdcrd转换成pdb，amber自己 ...

是这样的，我通过学习发现，mdcrd文件可以转换成一帧一帧的单独的PDB文件，但是我想想把mdcrd文件转换成一个整体的pdb轨迹文件，就是gromacs和VMD可以识别的那种，带着时间的轨迹，因为i我是新手，所以不知道怎么做这件事，请问您有什么好的建议吗？谢谢！