如何确定HS与药物相互作用的氨基酸残基呢~

楠楠的后时代

各位前辈，大家好~
   我们刚开始学习分子对接，遇到一些无法解决的问题，恳请大神们指点~
   之前我们上传到DS中的是经过预处理过的蛋白和药物的复合物，在DS中可以有选择性的将蛋白和药物的复合物分离开，而且可以知道与药物反应的具体的氨基酸基团，但是现在却不可以了，因为albumin.althotas.com网页打不来，我们是从PDB上直接下载蛋白晶体结构，再将单独的蛋白晶体结构传到DS中，这样无法知道蛋白质中与药物反应的氨基酸基团的具体名称，从而导致，第三步正式对接时，无法正确勾选与药物相互作用的氨基酸基团。
    请问各位大神，蛋白与药物相互作用的基团如何确定？？
    万分感激~
    盼回复

川大-灰太狼

用pymol就可以观察到药物和蛋白的相互作用哈。DS当然也可以看到的，标出相互作用的氨基酸名称即可。