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[其他] ROCS 进行dock 的原理?

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发表于 2015-7-22 15:23:57 | 显示全部楼层 |阅读模式

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我知道Rocs可以进行小分子相似性的比对,利用的原理是shape-based(高斯函数) 。但是,在文献’Comparison of Shape-Matching and Docking as Virtual Screening Tools'中Rocs可以进行Dock,
我不明白,分子相似性怎么可以用来Dock。
请问有知道ROCS进行DOCK原理或过程的吗?
发表于 2015-7-27 22:13:13 | 显示全部楼层
’Comparison of Shape-Matching and Docking as Virtual Screening Tools“
没看过文献,感觉应是比较LBDD(ROCS)和SBDD(DOCK)两种方法吧. ROCS貌似没有对接功能,不知新版本是否增加此功能.
发表于 2017-5-21 09:52:02 | 显示全部楼层
ROCS是基于配体的方法,将一个或很多化合物按形状与药效团相似性叠合到参比化何物上(参比化合物也被抽象为形状与药效团),当参比(query)是一个蛋白口袋的电子密度时,或者是bound ligand时,叠合的结果也是个pose,这是也相当于是docking。
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