问候

xubest · 发表于 2015-7-19 19:10:05

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各位用Rosetta的同仁好，我曾在Rosetta的一个组里做过薄后，写过Rosetta里面的一个Protocol，有点经验，希望可以和大家多交流

laoman · 发表于 2015-7-20 10:05:53

终于有大神出现了，我用rosettare finement做优化时，蛋白质有一个血红素的残基，能有什么办法单独做一个血红素的参数吗？我在官网提供的一个protocol中看到了血红素残基的参数，但那个不是centroid的参数，而是配体参数，而且血红素的结构也和我蛋白质的不一样。请问有什么办法可以生成一个自己用的parms文件，放在main/database/chemical/residue_type_sets/centroid/residue_types下面？

laoman · 发表于 2015-7-20 10:34:30

这里把demo的参数放上来，下载后要把后缀名改为tar.bz2才能解压额……

xubest · 发表于 2015-7-21 14:08:46

laoman 发表于 2015-7-20 10:05
终于有大神出现了，我用rosettare finement做优化时，蛋白质有一个血红素的残基，能有什么办法单独做一个血 ...

你好啊，我可不是大神。就是在其中一个组里做过博士后。Rosetta里面东西很多，我只了解其中很小的一部分。希望和大家一起学习交流。

听你的描述，我不太清楚您具体在用的是哪个protocol？执行的那个executable的名字是什么？为什么需要自己弄一个新的residue的参数呢？谢谢！

laoman · 发表于 2015-7-21 15:33:37

xubest 发表于 2015-7-21 14:08
你好啊，我可不是大神。就是在其中一个组里做过博士后。Rosetta里面东西很多，我只了解其中很小的一部分 ...

前辈你好，executable名字为relax.linuxgccrelease，主要就是优化一下蛋白质，当然也想试一下Rosetta的半经验从头算。heme这个特殊的残基就是我要优化的体系里面所包含的。rosseta的flags里有一个参数可以忽略这个残基，但是忽略之后优化的效果很不好啊（ -ignore_unrecognized_res），或者用demo提供的params（ -extra_res_fa HEM.params），但它的types是ligand的，不是centriod的……

您能提供一下建议吗？

laoman · 发表于 2015-7-22 14:20:02

好吧，在demo目录2010找到一个protocol，我先试试看能不能走通吧……

tonett · 发表于 2015-7-26 20:25:55

大神好。请问您做过rosetta protein protein对接么？想咨询你关于限制活性位残基的设置。我尝试了实在是不懂。麻烦您了。

SiteConstraintResidues: SiteConstraintResidues Atom1_ResNum Atom1_Name Res2 Res3 Func_Type Func_Def

就是Res2,Res3应该填上什么呢？后面的使用惩罚函数设置。以及如果我是要固定活性位残基，但是并不清楚蛋白质与蛋白质到底那个氨基酸之间能相互作用。能这个么固定活性位么？谢谢

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