使用autodock将蛋白质受体与小分子配体分开

韩小寒qqq · 发表于 2015-7-4 21:29:23

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怎样使用autodock将蛋白质受体与小分子配体分开

川大-灰太狼 · 发表于 2015-7-4 21:53:51

autodock本身只能做分子对接，建议使用pymol，chimera，vmd来可视化分离配体和蛋白，当然也可以直接编辑pdb文件来分离配体和蛋白。

princewangzijie · 发表于 2015-7-7 09:23:50

autodock 也可以做到的你选中小分子删除就可以啦在保存为相应的pdb格式就可以了或者你可以直接修改pdb源代码就行了就可以吧蛋白和小分子分开了

韩小寒qqq · 发表于 2015-8-21 16:22:01

princewangzijie 发表于 2015-7-7 09:23
autodock 也可以做到的你选中小分子删除就可以啦在保存为相应的pdb格式就可以了或者你可以直接修改p ...

嗯，用autodock分开了，谢谢回复

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[AutoDock&Vina] 使用autodock将蛋白质受体与小分子配体分开