有关autodock4Zn 力场的使用问题

mohan · 发表于 2015-6-29 15:59:07

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autodock4zn力场是否适用于活性位点含两个金属离子的体系？每个金属离子分别与三个蛋白残基形成配位键，同时配体中的S原子同时与两个金属离子形成共价键（每个金属离子形成四面体配位键）

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-30 11:54:19

autodock要处理这样的比较困难，可以尝试用vina，不过不一定那么理想。还可以使用商业的FlexX，Gold，Glide等，FlexX可以申请免费试用7天。

FlexX对接含金属离子的分子如下图：

含金属的分子对接

mohan · 发表于 2015-6-30 12:56:19

川大-灰太狼发表于 2015-6-30 11:54
autodock要处理这样的比较困难，可以尝试用vina，不过不一定那么理想。还可以使用商业的FlexX，Gold，Glide ...

Lead IT中的FlexX和sybyl中的FlexX是一样的吗

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