求教，autodock 所有构象的docked energy值都相同？

沈和 · 发表于 2015-6-21 20:14:31

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本帖最后由沈和于 2015-6-21 22:45 编辑

蛋白是PDB上下载的4BZ9，里面有个金属离子（锌），跟配体有螯合作用，基本操作是参考之前论坛里阿里巴巴师兄的金属酶对接教程，但是结果里所有构象的docked energy的都相同，想请问下，这个结构正常吗？

prince好先森 · 发表于 2015-6-22 08:57:31

你这个对接应该有问题，我也是初学者，你最后能量正值，结果不太好，你可以从头再做一遍docking，看到底那部出错了，应该是你有一步骤有问题

沈和 · 发表于 2015-6-22 23:21:21

prince好先森发表于 2015-6-22 08:57
你这个对接应该有问题，我也是初学者，你最后能量正值，结果不太好，你可以从头再做一遍docking，看到底那 ...

已经做过很多遍了，都是这个结果，然后所有构象的docked energy值还都是一个，也不知问题出在了哪里，都是照着教程做的

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[AutoDock&Vina] 求教，autodock 所有构象的docked energy值都相同？