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[提问] LeadIT对接

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发表于 2015-6-16 16:32:49 | 显示全部楼层 |阅读模式

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两个问题,请问用LeadIT对接,怎么选择对接位点。 第二个问题是,输入化合物库的时候,怎么只能选择前1000个化合物。谢谢大家
发表于 2015-6-17 10:14:38 | 显示全部楼层
1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点,请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点;
第二种是通过点击右边蛋白上的原子,自定义活性位点;
第三种则是通过导入活性位点的选择规范来定义活性位点。
前2种是常用的方法!

LeadIT-active-site

LeadIT-active-site



2、LeadIT在界面中操作,考虑到导入大量的分子会导致软件卡死,因此设置在界面操作时候只能一次导入最多1000个分子进行对接。
如果你想做大批量的虚拟筛选,有两种方法:
(1)使用KNIME软件,并安装LeadIT插件,这样可以使用工作流的方式来进行虚拟筛选,这样LeadIT就不用打开界面可以在后台运行,可以处理任何大小的分子库了,非常方便。
(2)通过界面操作准备好蛋白,然后在Linux系统下面使用命令进行LeadIT中FlexX的对接操作,也可以处理任何大小的分子库了。



 楼主| 发表于 2015-6-17 21:15:51 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-6-17 10:14
1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点,请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点; ...

谢谢灰太狼兄的指点 真是高人啊
 楼主| 发表于 2015-6-17 21:45:14 | 显示全部楼层
再请问灰太狼兄一个问题 你所说的KNIME软件是图片中的这个吗?谢谢
QQ图片20150617093751.png
 楼主| 发表于 2015-7-23 22:25:00 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-6-17 10:14
1、LeadIT中有3种方式来选择活性位点,请见下图红框。第一种方式就是根据复合物中已有配体来定义活性位点; ...

再请问灰太狼兄一个问题 你所说的KNIME软件是图片中的这个吗?谢谢
C:\Users\Yepeng\Desktop\QQ鍥剧墖20150617093751
发表于 2016-3-9 10:39:52 | 显示全部楼层
第二种和第三种具体怎么做啊
发表于 2017-4-1 11:59:41 | 显示全部楼层
麦客 发表于 2016-3-9 10:39
第二种和第三种具体怎么做啊

现在有了第四种,根据大数据和经验,自动寻找活性位点,
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