autodock 根原子处理

我很稳 · 发表于 2015-6-11 19:35:32

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用autodock进行检测根原子，得到的结果并不准确，应该怎么处理啊。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-12 00:06:01

是否有图，可以贴出来，为什么不准确呢？

我很稳 · 发表于 2015-6-12 11:05:35

川大-灰太狼发表于 2015-6-12 00:06
是否有图，可以贴出来，为什么不准确呢？

图片是这个，跟原子在上面显示着。好像实际的不是这种情况。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-6-14 23:23:18

我很稳发表于 2015-6-12 11:05
图片是这个，跟原子在上面显示着。好像实际的不是这种情况。

这分子本身就有问题，请注意分子的的结构！不知道你这个是不是磷酸盐，磷酸盐如果在溶液中是要电离的，所以对接的时候不会考虑磷酸根。

我很稳 · 发表于 2015-7-3 11:45:30

川大-灰太狼发表于 2015-6-14 23:23
这分子本身就有问题，请注意分子的的结构！不知道你这个是不是磷酸盐，磷酸盐如果在溶液中是要电离的， ...

好吧，我再看看，谢谢了。

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