DS在预测抗体亲和力成熟方面不够准确，求解

bxj

        提问：使用DS4.1中的protocol：Calculate Mutation Energy (Binding)，是可以针对抗体上的关键氨基酸进行虚拟饱和氨基酸突变，并预测出突变后能量变化值的。

但我已尝试了多个体系，不同抗体，经过实验结果的验证，DS在针对抗体这种高变区柔性比较大的蛋白时，预测的结果并不真实。预测的突变位点在实验中反而亲和力下降！

随后，我利用分子动力学的方法，历经纳秒级别的平衡，对构像进行了充分的优化，最终在空间构象方面，解释了该氨基酸位点突变后亲和力下降的原因。

我个人认为DS的 Calculate Mutation Energy (Binding) 在针对柔性较大的蛋白时，程序所做的结构优化显然不足。

虚拟突变后的结构，是否需要手动运行Minimization的优化，甚至是动力学模拟的优化，得到更真实的构像后再进行能量值变化的计算才更为准确呢？ 可如此一来，要消耗大量的时间和计算资源，大大

降低了效率，求高见。      

川大-灰太狼

这个是显而易见的，DS这样的突变计算肯定有其缺陷，不经过整体的优化，必然有些问题不能解释。所以yasara这款软件突变后马上就能进行可视化的md，还是很不错的！价格只是DS的几十分之一。

iovvoi

预测只是供你个参考  

nana88

我想跟你咨询下你说的:关于使用DS4.1中的protocol：Calculate Mutation Energy (Binding)，是可以针对抗体上的关键氨基酸进行虚拟饱和氨基酸突变，并预测出突变后能量变化值的。
你能加我qq么 506313965，盼回复，谢谢！