蛋白质去不了水，然后加氢，加电荷，保存pbdqt格式出错了。

fan728516414 · 发表于 2015-5-2 23:05:52

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哪出问题了，加电荷出现了这个NO New selection: ::HOH*:*
然后在保存时grid macromolecule choose 选中蛋白 dismiss

fan728516414 · 发表于 2015-5-2 23:08:29

怎么插图

fan728516414 · 发表于 2015-5-2 23:09:39

就是这张图

海洋 · 发表于 2015-5-10 13:22:41

先用其他软件如pymol或者直接删除pdb中的水分子再做一下试试

administrator · 发表于 2015-5-10 16:14:52

第一，adt里面是可以去除水分子的，注意，很多教程里面都遗忘了，在加氢后要赋予蛋白autodock 原子类型。在菜单栏的下拉里面有个“ assigned AD4 type”

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[AutoDock&Vina] 蛋白质去不了水，然后加氢，加电荷，保存pbdqt格式出错了。