用autodock做病毒衣壳蛋白与配体的对接

zixun2015

1）本人想用autodock做病毒衣壳蛋白与小分子配体的对接，PDB中有病毒衣壳的VP1序列，我用Oligomer Generator生成了一个由两个VP1组成的部分衣壳结构，含有两个小分子活性对接口袋（保证活性口袋完整性的最小单元），随后将得到的PDB文件用chimera加氢加电荷，输出后备用。不知道前面的准备有没有什么问题，一直在摸索。
2）应用上面处理的受体文件导入autodock中，去水，保存。配体分子也经过能量最小化处理导入autodock中，设置能够扭转的键后PDBQT格式输出。
3）准备受体的柔性残基文件，选取了活性口袋五个残基中的一个残基为柔性残基，并自行设计了可扭转的键，然后分别保存了flex及rigid文件。
4）准备大分子，Grid导入之前保存的受体的rigid文件，弹出对话框询问是否保留之前已经加上的电荷以替代ADT自动加上的Gasteiger电荷，点击Yes之后，问题就来了，警告rigid文件为非完整电荷，指出了哪些残基电荷有问题，并建议在输出文件中更改，不知这是哪里出现了问题，要怎样在输出文件中更改呢？
5）box的参数设置：以柔性残基的一个原子坐标为中心设置（不知这样选择对不对）。另外，导入的受体分子有两个相同的活性口袋，但其中只有一个活性口袋是完整的，另外一个能删除吗，否则在选择柔性残基时就会有两个残基。

以上问题求解答呀，万分感谢了！！！

zixun2015

这个是Grid后出现的警告

zixun2015

求帮助呀

pesticide_ccnu

说说我的看法

pesticide_ccnu

1.你这里用chimera加了电荷，到adt里面其实会问你是不是需要重新加电荷，你需要明白原来加的是什么类型的电荷，adt想重新加的又是什么电荷，为了不报错，建议重新加电荷。
2.你这里好像做了一个二聚体，你需要看看活性口袋是不是只由一个单体组成而不是在两个单体的界面处，如果只由一个单体组成，那么删除另外一个单体是合适的。
3.box的中心最好设置到活性空腔的中心，box设置的原则是需要包含所有可能结合的区域并尽量小，你这样做其实也是可以的。
How to Improve Docking Accuracy of AutoDock4.2: A Case Study Using Different Electrostatic Potentials 这篇文献有关于电荷的讨论 可以参考下

zixun2015

pesticide_ccnu 发表于 2015-4-28 20:12
1.你这里用chimera加了电荷，到adt里面其实会问你是不是需要重新加电荷，你需要明白原来加的是什么类型的电 ...

1）按您说的在autodock中又重新添加了电荷，grid导入rigid分子后确实没有提示了，非常感谢；
2）但是我在做docking时又出现了口令栏中出现的问题，我的配体分子明明没有A和N原子，但dpf文件中有这两了的口令，没有删除时出现找不到相应map文件的提示，我就在dpf中编辑删除了，但运行又出现，dpf中没有相应的原子类型，这是什么问题呢，我应该怎样改呢？3）另外，我想说，我做的病毒衣壳蛋白与小分子的对接是适合柔性对接还是刚性对接呢，看了一些资料说柔性对接时间要长一些而且不一定比刚性对接准确呀
谢谢您了，求指导

pesticide_ccnu

1.你用autogrid生成的map文件必须包含你想对接的分子的所有原子类型，配体分子的pdbqt文件的最后一列就是这个原子类型 ，A我记得是芳香C原子。
2.刚性对接是配体和受体都不允许可旋转键的旋转，一般只针对于配体和受体结构保守且柔性较差的情况；半柔性对接是配体允许可旋转键的旋转而受体不允许，是一般对接软件默认的处理方式；全柔性对接就是配体受体都可以进行单键的旋转，目前只能通过考虑某些氨基酸残基的柔性旋转来实现，如果文献报道你的活性空腔残基有些柔性很大并显著影响了配体的结合，可以尝试这个方法，当然准确性确实不好说。你这里建议先用默认的半柔性对接吧。

关于ADT的问题 先看看论坛的中文教程 99%的疑问都可以解决

zixun2015

pesticide_ccnu 发表于 2015-5-5 09:18
1.你用autogrid生成的map文件必须包含你想对接的分子的所有原子类型，配体分子的pdbqt文件的最后一列就是这 ...

谢谢您，已基本上确定使用半柔性对接了，不过问题接二连三，还想请问一下，我的蛋白分子是需要做能量最小化吗，还是可以直接上呢？我看的文献是发现结合位点的报道，所以用的是刚性对接，但没有看到他上面写做了优化处理呀，文献上用的patchdock在线服务器，刚性对接方式。

我不会用MD的相关软件，找了KOBAmin做能量最小化，我的蛋白分子是由三个相同的四级结构组成，活性位点恰好在交界处，但系统输出的结果会自动删除另外两个，所以优化后的没法用呀，不知您用过这个软件没，求帮助呀，谢谢了。

韩小寒qqq

请问你上面第4步出现的问题是怎样解决的啊？我也出现了同样的问题，你是怎样在autodock中又重新添加了电荷啊？求解答，感谢！