学习写autodock脚本，在最后一步出错：

wongyouki

参照论坛里的教程，自己写了脚本，很好的生成了dpf文件，但在bash中使用autodock4却出错，cannot executed binary file:Exec format error,又来向大家求助了

wongyouki

#! /bin/bash
cd /home/admin815/program/mgltools/VirtualScreen/ligand
ls *.pdbqt > ../etc/ligand.list
cd ../docking
for i in $(cat ../etc/ligand.list)
do
f=${i%.pdbqt}
mkdir $f
cd $f
cp ../../ligand/$i .
ln -s ../../receptor/receptor.pdbqt .
ln -s ../../receptor/*map* .
../pythonsh /home/admin815/program/mgltools/VirtualScreen/script/prepare_dpf4.py -l $i -r \
receptor.pdbqt [-o ${f}_receptor.dpf] -p ga_num_evals=1750000 \
-p ga_pop_size=150 \
-p ga_run=20 \
-p rmstol=2.0
cd ..   
done

这是第一个脚本，成功运行了

wongyouki

#! /bin/bash
cd ../docking
for i in $(cat ../etc/ligand.list)
do
f=${i%.pdbqt}
cd $f
autodock4 -p ${f}_receptor.dpf -l ${f}_receptor.dlg
cd ..
done
这个就不行了，cannot executed binary file:Exec format error
请大家帮忙看看

wongyouki

解决了，我在命令行中以命令的形式写进第二个脚本中的内容，成功了。
但是回去检查时发现了一个错误，dpf中参数全为默认格式，未能实现参数修改，就又回头修改了脚本1，如下：
#! /bin/bash
cd /home/admin815/program/mgltools/VirtualScreen/ligand
ls *.pdbqt > ../etc/ligand.list
cd ../docking
for i in $(cat ../etc/ligand.list)
do
f=${i%.pdbqt}
mkdir $f
cd $f
cp ../../ligand/$i .
ln -s ../../receptor/receptor.pdbqt .
ln -s ../../receptor/*map* .
../pythonsh /home/admin815/program/mgltools/VirtualScreen/script/prepare_dpf4.py -l $i -r receptor.pdbqt \
-p ga_num_evals=1750000 -p ga_pop_size=150 -p ga_run=20 -p rmstol=2.0
cd ..   
done
参数得到了修改
期待和大家交流

wongyouki

我查了查有人说是bash无法运行二进制程序，我觉得很不合理啊，我一定是在哪里犯了最基本的错误