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[原创] UCSF DOCK 安装教程

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发表于 2012-11-14 22:05:40 | 显示全部楼层 |阅读模式

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官网:http://dock.compbio.ucsf.edu/
学术免费
介绍:
predict binding modes of small molecule-protein complexes
search databases of ligands for compounds that inhibit enzyme activity
search databases of ligands for compounds that bind a particular protein
search databases of ligands for compounds that bind nucleic acid targets
examine possible binding orientations of protein-protein and protein-DNA complexes
help guide synthetic efforts by examining small molecules that are computationally derivatized
many more...

安装平台:ubuntu 12.04
(1) tar -zxvf dock.6.5_source.tar
(2) cd dock6/install
(3) ./configure gnu
(4)重要:修改生成的config.h文件中的g77为gfortran (如果你的电脑没有g77的话)
(5) make all
完成安装
安装完后,在bashrc中添加
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
export PATH=/home/chen/soft/dock6/bin/:$PATH


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发表于 2012-12-22 20:29:02 | 显示全部楼层
弱弱的问一句,这个能安装在64位系统中吗
发表于 2012-12-28 16:10:57 | 显示全部楼层
楼主您好。我是在scientific linux 6.3中安装的。运行到make all时,
提示以下错误
make[1]: Entering directory `/home/1wx/dock6/src'
cd dock && make install
make[2]: Entering directory `/home/1wx/dock6/src/dock'
icpc -c  -O3 -ipo -o score_solvent.o  score_solvent.cpp
make[2]: icpc:命令未找到
make[2]: *** [score_solvent.o] 错误 127
make[2]: Leaving directory `/home/1wx/dock6/src/dock'
make[1]: *** [dock6] 错误 2
make[1]: Leaving directory `/home/1wx/dock6/src'
make: *** [install] 错误 2
我查看来config.h文件,显示以下内容:
DOCK configuration file for Intel compilers
# and the Math Kernel Library.

# CC is the C compiler
# CXX is the C++ compiler
# CFLAGS is the flags for the C and C++ compilers
# FC is the Fortran compiler
# FFLAGS is the flags for the Fortran compiler
# LIBS is the flags for the linker
# LINK_WITHOUT_FORTRAN_MAIN is the flag for linking without Fortran's main
# LOAD is the command to invoke the linker
# DOCK_SUFFIX is the suffix for the dock executable

CC=          icc
CXX=         icpc
CFLAGS=      -O3 -ipo
FC=          ifort
FFLAGS=      -O2
LIBS=        -L$(MKL_HOME)/lib/em64t -lvml -lmkl_lapack -lmkl -lguide -lpthread
LIBS=        $(MKL)
LINK_WITHOUT_FORTRAN_MAIN= -nofor_main
LOAD=        icpc
DOCK_SUFFIX=

请问该如何解决?多谢
 楼主| 发表于 2012-12-29 13:42:31 | 显示全部楼层

编译器不正确。改为步骤(3)里面的编译器
发表于 2012-12-29 22:01:44 | 显示全部楼层
请问怎么改?我用./configure这个命令把列表里从gnu一直到sgi所有的都弄了一遍
 楼主| 发表于 2012-12-30 00:37:20 | 显示全部楼层
xufund 发表于 2012-12-29 22:01
请问怎么改?我用./configure这个命令把列表里从gnu一直到sgi所有的都弄了一遍 ...

怎么改要看你电脑里面装了什么编译器。比如是Intel的,还是gfortarn,或者其他的。这个我也不清楚你电脑安了什么编译器啊
发表于 2012-12-30 16:23:41 | 显示全部楼层
我用./configure ***(gnu, gun. parallel, gun. pbsa, gnu. parallel pbsa, ibmaix, ibmaix, intel, intel.mkl, sgi, sgi.parallel, sgi.pbsa)都弄了一遍。好像都提示这个文件存在在哪个地方。请问有没有办法查一下程序启动时用哪个编译器吗?我用的就是普通电脑,i7,dell主板

发表于 2012-12-30 20:30:48 | 显示全部楼层
楼主只编译了单机版的吧?并行版的,支持pbsa 打分计算的,gun. parallel, gun. pbsa, gnu. parallel pbsa 不知您测试过没有?
 楼主| 发表于 2012-12-30 21:05:08 | 显示全部楼层
xufund 发表于 2012-12-30 16:23
我用./configure ***(gnu, gun. parallel, gun. pbsa, gnu. parallel pbsa, ibmaix, ibmaix, intel, intel ...

你以前装过编译器吗? 没有的话就自己安一个gfortarn就行了。这个和你电脑硬件无关。
 楼主| 发表于 2012-12-30 21:08:40 | 显示全部楼层
yyhsz04 发表于 2012-12-30 20:30
楼主只编译了单机版的吧?并行版的,支持pbsa 打分计算的,gun. parallel, gun. pbsa, gnu. parallel pbsa  ...

并行版修改
(3) ./configure gnu.parallel 就行了
支持MPICH2和MPICH
gun. pbsa 没用,因为根本要不到OEChem TK 1.7.0 和Zap TK 2.1.1. 你可以联系http://www.eyesopen.com/试试,说不定就要到了呢。分享我一个哈,呵呵
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