linux下怎么安装和使用ledock

药化神龙

最近尝试了win版本的，不能高通量虚拟筛选，想尝试linux版本的，想安装在超算上，但不知道怎么操作和激活，非常感谢！

年华

fireflying 发表于 2016-12-5 18:48
Did you get any output? Any docking pose?

If you simply run

yeah, there will be a .dok file, and many docking poses.
when i simply run ledock, it will show this :
bash-4.1$ ledock
************************************************************
*       LeDock v1.0                                        *
*       Molecular Docking Tool                             *
*       Copyright (C) 2013 Lephar Research                 *
*       www.lephar.com                                     *
************************************************************
--------Usage:
--------ledock config.file    !docking
--------ledock -spli dok.file !split into separate coordinates

and when i run ledock -spli 222.dok , it could run and exit.
Is this a serious problem ? what should i do?

年华

fireflying 发表于 2016-12-1 03:28
这个问题没有遇到过。运行结束程序会自动退出。你用的什么系统？另外，运行教程里面的例子也是这样的情况 ...

谢谢老师，使用的是 Scientific Linux release 6.5 (Carbon)系统，运行教程里的例子也是这样的情况。大约运行6分钟后，top查看发现其不再运行了，但是却不会退出。
运行状态：
PR  NI  VIRT  RES   SHR  S %CPU %MEM    TIME+COMMAND
20   0 92436 2372 1936 S 28.2    0.0        1:43.17 ledock
运行结束：
PR  NI  VIRT  RES   SHR  S %CPU %MEM    TIME+COMMAND
20   0 92436 4288 1936 S  0.0  0.0             1:43.17 ledock
但是没有自动退出，需要手动终止程序。（上述是用教程里面的2BSM中的例子进行检验的），请问这是什么问题呢？

fireflying

下载后，cd 到ledock_linux_x86文件所在的目录，然后
chmod +x ledock_linux_x86
mv ledock_linux_x86 ledock (程序重命名为ledock）

把ledock加到路径里面
mv ledock /usr/bin （这个操作需要root权限，在超算上面你估计没有这个权限）
或者，如果你在例如./bashrc文件里面设置了路径，可以把ledock移到某个设置好的路径里面。

如果实在觉得路径设置麻烦，使用下面方法
绝对路径/ledock dock.in

linux刚接触是不太习惯，上手之后与win比起来是十分适合计算的。脚本设置好，跟操作人员就没关系了，可以省下大把的时间花前月下或者睡个懒觉也行

药化神龙

chmod +x ledock_linux_86这个操作以后，操作其他的经常

ledock dock.in
bash: ledock: command not found

药化神龙

fireflying 发表于 2015-4-19 14:30
下载后，cd 到ledock_linux_x86文件所在的目录，然后
chmod +x ledock_linux_x86
mv ledock_linux_x86 ledo ...

非常感谢老师，我试试看

药化神龙

fireflying 发表于 2015-4-19 14:30
下载后，cd 到ledock_linux_x86文件所在的目录，然后
chmod +x ledock_linux_x86
mv ledock_linux_x86 ledo ...

老师，您好，安装您说的可以进行了，但有遇到一个问题，不知道怎么解决，谢谢

$ ledock dock.in

ledock: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ledock)

fireflying

药化神龙 发表于 2015-4-19 15:34
老师，您好，安装您说的可以进行了，但有遇到一个问题，不知道怎么解决，谢谢

$ ledock dock.in

ledock是在ubuntu 12上面编译的，你的系统比较旧。解决办法是升级glibc。如果你的系统是Ubuntu，可以用以下命令

sudo apt-get update
sudo apt-get install libc6

需要root权限。

greatzdl

fireflying 发表于 2015-4-19 16:30
ledock是在ubuntu 12上面编译的，你的系统比较旧。解决办法是升级glibc。如果你的系统是Ubuntu，可以用以 ...

能否提供在centos6上编译的版本呢

年华

老师您好，我现在在运行ledock遇到了ledock运行停止但又不退出的问题，请问您遇到过类似的问题么？该如何解决呢？先谢过您了~

fireflying

年华 发表于 2016-11-29 09:53
老师您好，我现在在运行ledock遇到了ledock运行停止但又不退出的问题，请问您遇到过类似的问题么？该如何解 ...

这个问题没有遇到过。运行结束程序会自动退出。你用的什么系统？另外，运行教程里面的例子也是这样的情况吗？程序适用ubuntu14及更高或centos7。方便的话，你可以把你的文件上传一下。目前还不是特别清楚你遇到的问题