用Autodock对接金属离子和蛋白反应可行吗

木C鱼 · 发表于 2015-4-18 11:44:30

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已学会用Autodock对接有机小分子和蛋白，想尝试金属离子和蛋白的对接。暂时思路是：先确定金属离子在溶液中的存在形态（络合等。。。），然后用主要存在形态去对接。不知可行不。有经验的请赐教！不胜感谢！

药化神龙 · 发表于 2015-4-22 18:58:30

建议使用FlexX软件对接含有金属的

木C鱼 · 发表于 2015-4-23 10:08:37

药化神龙发表于 2015-4-22 18:58
建议使用FlexX软件对接含有金属的

谢谢回答！

木C鱼 · 发表于 2015-4-23 13:21:15

viger87 发表于 2015-4-22 10:32
楼主尝试了吗？把测试结果分享下呗个人觉得如果你的金属离子在溶液中形成络合物，你优化出络合物结构（这部 ...

尝试了一下，我直接用络合平衡和酸碱平衡算Hg2+在我的体系中的主要存在形态，发现主要有三种：HgCl2,HgCl3-,HgCl4 2-,然后分别用Gaussview画结构用Gaussian优化再去和蛋白对接。刚对接了HgCl4 2-,马上要去一个会议做会务，等回来再对接另两个，希望有所差别。

木C鱼 · 发表于 2015-4-30 11:08:03

viger87 发表于 2015-4-24 15:11
你用gaussian优化后没把电荷保存出来也没用，配体中有金属，autodock生成的电荷是不靠谱的。你应该把gaus ...

谢谢你的提醒。我把gaussian计算的几何结构和电荷都保存为mol2格式，发现mol2文件中电荷为NO_CHARGES，这是什么原因呢

药化神龙 · 发表于 2015-5-1 18:03:31

木C鱼发表于 2015-4-30 11:08
谢谢你的提醒。我把gaussian计算的几何结构和电荷都保存为mol2格式，发现mol2文件中电荷为NO_CHARGES，这 ...

优化完，你在其它软件继续加电荷吧，试试

心想事成 · 发表于 2020-2-17 21:24:25

楼主，您好。近期我得到一个蛋白质，现在想用该蛋白质和Cd2+离子进行对接，目前手头上已获取蛋白质pdb文件，在chemspirder上面下载了Cd2+，尝试用过autodock和Hex氮但均未果。由于初涉此领域，属于小白，看到您在此处发表过相关的帖子，所以，有几个问题麻烦问一下您：1、金属离子是否可以用离子状态，或在溶液体系中存在的状态？预处理该如何？2、蛋白的预处理是否仅加氢、加电荷即可？3您用的那个对接软件？不好意思，打扰您了，不胜感激。

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