autodock中人工加金属原子和非金属原子电荷应该加多少，有...

shouzhangxin · 发表于 2015-4-8 17:40:22

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本人在做autodock对接时，配体受体分子中含有金属离子K，当PDB文件转换到PDBQT文件时，会出现K和边上几个O原子未添加上电荷，请问我是否应该按金属离子的化合价添加，然后把电荷给氧原子一平均的办法呢？看了一些资料说这样添加是肯定添加多了，增加了这些电荷静电的影响.请问各位大神我应该依据什么给原子添加电荷？诚挚请教！谢谢！

shouzhangxin · 发表于 2015-4-14 15:43:55

viger87 发表于 2015-4-9 11:49
计算体系有金属离子/配位键的时候，autodock自动生成的电荷会有问题，常见点的处理方法是手动赋予相应原子 ...

谢谢您的解答！！！我还想问您几个问题：mol2文件和PDB文件有什么区别？不是autodock一般导入文件是PDB，后转化PDBQT吗？那您对配体的具体处理办法或用什么软件是什么能方便告诉我吗？用有K离子参数的分子力场赋予体系各原子电荷,这个具体怎么操作或用什么软件？我看了一些关于量化计算点电荷的文献，好像比较复杂，最近忙还没来得及细细琢磨琢磨，但这种通过直接加化合价的方法本人了解过是偏大的，所以还在想办法解决。

shouzhangxin · 发表于 2015-4-22 22:28:04

我的配体分子是金属铂配合物，autodock的ADT将PDB文件转化为PDBQT文件时，PDBQT文件以记事本打开时发现铂原子的电荷数为0 ，就是不知道该将铂原子电荷数改为多少，改为+2貌似不太对。我的受体是DNA，DNA形成G-四链体中有钾原子，同样以记事本打开PDBQT文件时《发现钾离子和部分氧原子的电荷数也为0，不知道该改为多少，困扰中，一直也没找到类似做这块的小组作为参考，苦恼中，本人不是搞量化计算这块的，所以知识缺乏，哈哈，望指点......

fan728516414 · 发表于 2015-6-2 19:17:07

shouzhangxin 发表于 2015-4-22 22:28
我的配体分子是金属铂配合物，autodock的ADT将PDB文件转化为PDBQT文件时，PDBQT文件以记事本打开时发现铂原 ...

你解决没，我也是遇到这方面的问题啊。正在找答案

lucky_1119 · 发表于 2016-5-4 16:53:39

请问楼主问题最终解决了吗？也遇到同样问题，苦恼中。。。。

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[AutoDock&Vina] autodock中人工加金属原子和非金属原子电荷应该加多少，有...

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