ledock对接的疑问

xufund

按照论坛里的教程，采用小萌物提供的插件获取对接盒子参数，并替换了ledock里的相应参数。但是对接结果却发现小分子并没有在对接盒子里，而是远离对接盒子（图中白色圆圈位置）。怎么办？哪里出问题了？

fireflying

xufund 发表于 2015-4-10 06:30
谢谢！因工作需要设计这两个蛋白的配体。刚接触这些东西，很多东西不懂。希望老师推荐一些资料学习一下。 ...

计算说复杂，其实不复杂，但是也不简单。如果数理基础好又有一定的化学背景（譬如本科化学），建议看计算理论的入门书籍，不过这些厚厚的书读下来很枯燥，读下来只是初步理解计算，也未必就真的会做计算。高级一点的读一些计算方法、思路、应用的书籍，这些书如果没有一定的理论基础加实际使用经验，估计读了等于白读。

也不用太悲观，计算其实不太复杂，至少就学会软件使用而言不复杂。很多发表的文章里面，尤其是搞药化的，一看他们做分子对接搞计算就头疼，好端端的文章硬是要加点老鼠屎进去，还自我感觉良好，实在是画蛇添足。不过呢，学计算之前先学会怎么用软件，有点感性认识还是很有帮助的，只是千万别因为不懂计算就对计算顶礼膜拜，千万不要把计算当做黑盒子，计算那些事其实真不是事！

学计算最好有个师傅领进门，这个师傅三观要正，理论基础要扎实，否则。。。估计悲剧的多。没有师傅的话，就自己动手多做做，PDB里面的晶体结构看个数百个，多问问为什么，试着去回答，不要怕错。看的多了，见识也就多了。“观千剑而后识器”，“熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟”，差不多一个意思。话说，达芬奇小时候学画画，不也是从看鸡蛋开始吗？

做计算要多动手，多实践，不厌其烦，其实跟打游戏没啥区别。打游戏喜欢捣鼓的人，做计算一般不会太差。譬如，想想为什么我准备的配体Mol2文件对接就可以，你准备的就不可以，这两个文件差别咋哪里？哪些差别是决定性的？为什么？等等，最后你就懂计算了

fireflying

xufund 发表于 2015-4-9 11:40
赵老师，您好！
我用您给的参数文件重复了一下，发现以下几个问题：
1. 全部采用您给的文件对接，结果显示 ...

1. 这是正常的。对接是随机搜索过程，每次对接的伪随机数不同，结果是有可能不完全相同的。这个分子做对接还是有一定难度的，可以试试大名鼎鼎的AutoDock后者Vina，看看效果如何{:soso_e113:}。对于对接难度比较大的情况，可以适当增加搜索次数，如将“Number of binding poses"设为40。不过，这样计算时间也会变长。

2.LePro处理蛋白时候，忽略所有以HETATM开头的配体以及水分子。当你用Chimera处理蛋白再保存的时候，Chimera很可能把这些原子改成了ATOM，所以LePro保留了这些原子。

3.应该是你的Mol2文件不对。小分子配体的质子化状态譬如羧基是否要去质子化或胺是否要质子化都要预先准备好。其次，Mol2文件内的Sybyl原子类型以及键的状态都要设置正确。做计算，最起码的要了解这些文件的格式。切忌把计算当做黑盒子！

xufund

赵老师，您好！
我用您给的参数文件重复了一下，发现以下几个问题：
1. 全部采用您给的文件对接，结果显示与晶体吻合最好的是第6个构象，而不是您对接的lig.dok里的第三个构象。为什么会这样？
2. 我采用lepro处理的pro.pdb文件中有配体，而您给的pro.pdb文件中没有配体。我的步骤是先用chimera删除C,D两条链和水分子，然后用lepro处理这个新的pdb文件，得到pro.pdb。我的这个文件里是有配体和辅助分子adp的。我用chimera看了一下您给的pro.pdb文件，发现里面只有4条链，没有配体和adp。是不是在处理蛋白的时候需要删除配体和辅助分子adp？
3.小分子文件我是先通过http://www.molecular-networks.com的2D转3D，然后存为mol格式，再通过chemira软件另存为mol2格式用于对接。我这样处理的配体用于对接却发现没有一个构象能与晶体复合物中的配体吻合。是不是小分子文件这样处理不对？应该如何处理？

fireflying

对接参数修改后，譬如对接盒子参数，要点击“Save change”，否则修改不会被保存在dock.in参数文件里面。LeDock从dock.in文件里面读取对接参数。

fireflying

不知道你对接的是否是1HW9晶体结构中的配体，试着对接了一下，见下图。这个小分子配体结合在Dimer的界面，对接时候要保留dimer，也就是说同时保留A和B链。所有文件在1hw9.zip里面。感兴趣的话，可以用里面的文件重复一下。
1hw9.zip (784.47 KB, 下载次数: 10)

2015-4-9 02:22 上传

点击文件名下载附件

xufund

谢谢赵老师！我再试试您的参数。

xufund

按照基础教程里的方法又处理了受体（3c5t）和它的配体文件（10M），对接结果又是不能很好叠合{:soso_e101:}
到底该怎么准备这些文件呢？希望赵老师能详细说说啊。

fireflying

xufund 发表于 2015-4-9 20:47
按照基础教程里的方法又处理了受体（3c5t）和它的配体文件（10M），对接结果又是不能很好叠合 ...

这个配体（10M）是结晶缓冲溶液里面的去污剂，您对接这个去污剂干嘛？即使在晶体结构里面能看到这个分子，也不代表这个分子跟蛋白会有结合。很可能是Crystal packing的artifact。您要真心想对接一个去污剂也行，起码得根据晶胞参数把这个去污剂周围的蛋白补齐啊。

想学分子对接，用我在本版另外一个帖子（分子对接软件性能评测）里面的24个复合晶体结构就够了。选择什么样的复合晶体结构做对接也是有点讲究的。Do not reinvent the wheels!中文怎么说，不要重复劳动？

亲，下次咱能不对接去污剂不？分子对接软件伤不起啊，你崩溃它也崩溃

共勉！

xufund

谢谢！因工作需要设计这两个蛋白的配体。刚接触这些东西，很多东西不懂。希望老师推荐一些资料学习一下。