Autodock 创建pdbqt文件失败

yaanamm · 发表于 2015-4-3 12:53:39

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C:\Users\ZYA\Desktop

用Autodock处理受体PDB文件后，想另存为pdbqt文件，结果出现上图的错误，求解决！

之前在设置autogrid 时也存过受体pdbqt文件，可是运行时说无法打开

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yaanamm · 发表于 2015-4-10 21:29:10

墨竹晓风发表于 2015-4-4 12:50
哦，试试在保存前先赋予原子类型。在菜单栏的下拉里面有个“ assigned AD4 type” （可能拼写有点不确定） ...

按这个操作可以存为pdbqt，但是运行autogrid时报错，说无法读取受体文件，这个受体是直接用Chemdraw3D模板里的，
也试过直接从PDB数据库下载的，但都有下图的警告。用autodock vina也试过，同样报错说无法读取受体文件

yaanamm · 发表于 2015-6-19 20:28:54

墨竹晓风发表于 2015-4-27 14:17
那么，蛋白结构完整吗？是不是缺了一部分？

对接的受体不是大分子蛋白，就是贝塔环糊精，结构是直接用Chemdraw3D模板里的，
也试过直接从PDB数据库下载的，但都会出现一样的结果。警告说”contains no non-bonded atoms"

求知求学 · 发表于 2015-5-23 12:30:47

yaanamm 发表于 2015-4-10 21:29
按这个操作可以存为pdbqt，但是运行autogrid时报错，说无法读取受体文件，这个受体是直接用Chemdraw3D模 ...

我现在也遇到了这个问题，我看小木虫上有人说是保存路径问题，但是还是不知道怎么解决，请问你解决了吗？

墨竹晓风 · 发表于 2015-4-4 12:50:06

哦，试试在保存前先赋予原子类型。在菜单栏的下拉里面有个“ assigned AD4 type” （可能拼写有点不确定）

borinboy · 发表于 2015-4-7 21:28:08

应该是要先保存为PDB吧，不能直接保存为PDBQT

墨竹晓风 · 发表于 2015-4-13 11:27:29

yaanamm 发表于 2015-4-10 21:29
按这个操作可以存为pdbqt，但是运行autogrid时报错，说无法读取受体文件，这个受体是直接用Chemdraw3D模 ...

这是H原子出错。处理的时候需要先删除所有H，然后再加H。

yaanamm · 发表于 2015-4-15 20:30:38

墨竹晓风发表于 2015-4-13 11:27
这是H原子出错。处理的时候需要先删除所有H，然后再加H。

非常感谢，试着删了，然后添加极性氢，可是还是打不开pdbqt.
是不是还有步骤忽略了，盼指教！

墨竹晓风 · 发表于 2015-4-27 14:17:11

yaanamm 发表于 2015-4-15 20:30
非常感谢，试着删了，然后添加极性氢，可是还是打不开pdbqt.
是不是还有步骤忽略了，盼指教！ ...

那么，蛋白结构完整吗？是不是缺了一部分？

yaanamm · 发表于 2015-5-23 10:06:26

对接的受体不是大分子蛋白，就是贝塔环糊精，结构是直接用Chemdraw3D模板里的，
也试过直接从PDB数据库下载的，但都会出现一样的结果。警告说”contains no non-bonded atoms"

求知求学 · 发表于 2015-5-23 12:32:09

我现在也遇到了这个问题，我看小木虫上有人说是保存路径问题，但是还是不知道怎么解决，请问你解决了吗？

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[AutoDock&Vina] Autodock 创建pdbqt文件失败