LeDock对接结果怎么在chimera里打开

xufund · 发表于 2015-4-3 10:54:59

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尝试用LeDock做对接，得到的dok文件怎么用chimera打开？

lrf1980 · 发表于 2015-4-4 09:22:59

用pymol吧，不行就直接用文本编辑文件打开，copy然后存成pdb文件

fireflying · 发表于 2015-4-4 17:51:10

楼上正解。我没有用过Chimera。dok文件是PDB格式，可以用pymol或者VMD查看所有的对接构象。

Linux下，可以用ledock -spli [dok]将对接构象拆分成单个的PDB文件。

使用LeDoCK的几个常见问题：
1. 结合口袋设置有误，特别是采用LePro模块自动生成的。结合口袋的设置可以参见本版的Pymol或者VMD教程。
2. 小分子配体的Mol2文件徒有其表而无其实质。尤其是用Pymol或Maestro等自动从PDB格式文件转换成Mol2文件的。Sybyl Atom type往往缺失、bond order信息也可能不对（如全部处理成单键），LeDock根据这些信息来为小分子配体生成力场参数。Chem3D、Corina、openBabel生成的Mol2文件是可以得，ZINC数据库直接下载的MOL2文件可以直接使用。
3. 金属酶对接时候，把金属离子加上。Lepro处理蛋白时候去除所有的金属离子，需要手动添加。
4. 极少数情况下，分子对接时候需要适当保留水分子。

xufund · 发表于 2015-4-4 20:11:50

用pymol打开，只看到小分子配体的各种构象，没看到受体的结构啊。
我第一次用ledock。所以结合口袋是lepro自动生成的。也不知对接结果对不对

fireflying · 发表于 2015-4-5 01:45:24

用Pymol再读进蛋白受体结构即可。输出文件只包含小分子配体的对接构象，不包括受体以减少输出文件的大小。这在高通量虚拟筛选时候是十分必要的。

可以用本版小萌物写的Pymol script来设置结合口袋。最好先用网上提供的教程先练练手，了解一下软件的特点。LeDock还是很容易使用的，主要保证两点一般可获得至少80%的对接成功率：1）结合口袋设置合理；2）正确的小分子配体Mol2文件

关于结合口袋设置的考虑，可以参考我的科学网博客：
http://blog.sciencenet.cn/home.p ... =blog&id=877019

Cheers！

xufund · 发表于 2015-4-5 07:08:11

谢谢赵老师

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