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[AutoDock&Vina] 对接前使用ADT准备蛋白质出错

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发表于 2012-11-14 10:26:25 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 墨竹晓风 于 2012-11-14 10:42 编辑

蛋白质从PDB下载之后,使用DS补全残基,并加上全H,放入到ADT中加G电荷,保存为pdbqt文件
但是出错,提示如下
未命名.jpg
另请教,对接前对蛋白和小分子的处理具体应该是怎么样的。我是对蛋白和受体加极性H,然后都加G电荷。其他战友怎么做的呢?谢谢

本帖被以下淘专辑推荐:

  • · 初级|主题: 3, 订阅: 0
发表于 2012-11-14 10:32:35 | 显示全部楼层
出现这种问题是因为你在保存前没有给所有原子匹配AD原子类型。

解决方法:Edit--Atoms--Assign AD4 type  然后就可以顺利保存了。
 楼主| 发表于 2012-11-14 10:42:20 | 显示全部楼层

谢谢狼哥,问题以解决。另外,对蛋白质需要merge 非极性H吗?只保留极性H。
发表于 2012-11-14 12:23:40 | 显示全部楼层
墨竹晓风 发表于 2012-11-14 10:42
谢谢狼哥,问题以解决。另外,对蛋白质需要merge 非极性H吗?只保留极性H。 ...

正确的步骤是:1、加全部氢;2、加电荷;3、合并非极性氢。 自己想想为什么:)
发表于 2012-11-15 21:15:23 | 显示全部楼层
对头的,狼哥说得对,加G电荷前必须加所有的氢,包括非极性的氢!
发表于 2012-12-21 19:39:58 | 显示全部楼层
楼主,请问怎么补全残基?能详细说说吗?除了DS还有什么免费软件?谢谢
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