autodock vina 受体蛋白中含金属Mo报错

wongyouki · 发表于 2015-3-27 22:59:21

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Parse error on line 12281 i file "1n5x1.pdbqt":ATOM syntax incorrect:"Mo" is not a valid Autodock type.Note that AutoDock atom types are case-sensitive.
使用vina做虚拟筛选，受体是1n5x,它的活性中心含金属Mo，求助多谢大家了！

wongyouki · 发表于 2015-3-31 09:09:52

谢谢狼大！
看文献里，有阳性药奥西嘌呤是这么描述：Strong electron density connected oxipurinol and the Mo atom.The N2 nitrogen of oxipurinol replaces the equatorial hydroxyl ligand of the molybdenum atom, coordinating directly to the metal atom at a distance of 2.3 Å with a 180° angle between Mo-ion, N2-atom and the pyrazole ring.另一个阳性药非布司他则是占据钼蝶呤旁的疏水通道不与Mo中心作用。
我在做中药活性成分筛选，化合物的主要类别有倍半萜、黄酮、有机酸，参考之前论坛里阿里巴巴学长的金属酶对接教程，用autodock4.2做了一遍，得分有些过高了，Ki到了am级别，实验报道的是nm级别。我就想试试vina,我想把mo的参数粘贴到了.dat里，可是不知道vina调用的是哪个.dat文件，是不是带着不识别的原子没法用vina呢？我是白丁，在论坛里看大家的帖子真的助力很大。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-31 12:16:14

wongyouki 发表于 2015-3-31 09:09
谢谢狼大！
看文献里，有阳性药奥西嘌呤是这么描述：Strong electron density connected oxipurinol and th ...

Vina我就不太清楚了，你可以试试LeadIT中的FlexX分子对接模块，这个是考虑金属离子键的。
飞天兄刚发了个测试2个半月的申请帖：
http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1695

wongyouki · 发表于 2015-6-15 07:59:52

我处理了，但是我不知道处理的有没有问题，我从PDB数据库中把金属所在的配体下载下来，导入gauuian9进行了计算，算出配体中每个原子的电荷数，然后手动修改pdbqt，再进行对接，结果和改成6,4，1没多大差别

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-30 23:52:48

Mo 和你的蛋白受体和小分子有相互作用吗？如果没有，可以直接删除。

wongyouki · 发表于 2015-3-31 16:52:10

好，我有空去试试

小林 · 发表于 2015-4-7 10:37:15

请问您知道哪有autodock vina的下载吗，我急求，如果您知道的话您能帮帮我吗！我的邮箱1315518202@qq。com

wongyouki · 发表于 2015-4-7 18:29:59

小林发表于 2015-4-7 10:37
请问您知道哪有autodock vina的下载吗，我急求，如果您知道的话您能帮帮我吗！我的邮箱1315518202@qq。com ...

http://vina.scripps.edu/

fan728516414 · 发表于 2015-6-1 16:34:23

你的金属处理好了吗？

wongyouki · 发表于 2015-6-15 08:03:38

fan728516414 发表于 2015-6-1 16:34
你的金属处理好了吗？

有空我们交流一下

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