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[Pymol] pymol wizard>measurement二面角测量始终看不到结果

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发表于 2015-3-19 00:05:09 | 显示全部楼层 |阅读模式

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本帖最后由 C15056981927 于 2015-3-19 00:07 编辑

新手,最近刚接触pymol,发现二面角测量时,没能得到distance 和angle 那样显示出来,如图所示,图中表示原子即为点击原子顺序。望各位高手给解释,提供解决办法,图文并茂最好不过!!!谢谢!

1.png
发表于 2015-3-19 21:14:52 | 显示全部楼层
二面角不是 distance和angle是Dihedrals,选择了右边的Dihedrals后就点选4个原子,就会出来二面角。
pymol-01.png
 楼主| 发表于 2015-3-20 08:48:43 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-3-19 21:14
二面角不是 distance和angle是Dihedrals,选择了右边的Dihedrals后就点选4个原子,就会出来二面角。

...

你好,我选的是二面角,但是选择四个原子的时候,硬是看不到二面角,就像你图中的那样。麻烦你再仔细看下我配图中external GUI 的内容,特别是红色箭头所指,你选四个原子的时候,是怎么操作?还真的是麻烦大神给指导了,最近这个还真用得上。我的是这个版本“This Executable Build integrates and extends Open-Source PyMOL 1.3.”。谢谢!
发表于 2015-3-20 10:39:26 | 显示全部楼层
C15056981927 发表于 2015-3-20 08:48
你好,我选的是二面角,但是选择四个原子的时候,硬是看不到二面角,就像你图中的那样。麻烦你再仔细看下 ...

估计是因为你的图太混乱了,有cartoon 和 stick,因此在你点选的时候容易误选。
建议:隐藏cartoon,只显示stick or line,再进行点选。
 楼主| 发表于 2015-3-20 16:27:30 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-3-20 10:39
估计是因为你的图太混乱了,有cartoon 和 stick,因此在你点选的时候容易误选。
建议:隐藏cartoon,只显 ...

不着,还是提示“Selector-Error: Malformed selection.”,也不知道哪出问题啦
 楼主| 发表于 2015-3-20 16:38:50 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-3-20 10:39
估计是因为你的图太混乱了,有cartoon 和 stick,因此在你点选的时候容易误选。
建议:隐藏cartoon,只显 ...

你能不能把你在进行这个操作时候,external GUI 窗口截图给我看下,看差别在哪;也劳烦你在仔细看下我的截图,看能不能诊断出啥问题,谢谢!!!
发表于 2015-3-20 23:02:24 | 显示全部楼层
C15056981927 发表于 2015-3-20 16:38
你能不能把你在进行这个操作时候,external GUI 窗口截图给我看下,看差别在哪;也劳烦你在仔细看下我的 ...

我也不清楚你的这个到底怎么回事,可以下载新的1.7版本的pymol重新安装后试试。

这个是我的pymol的GUI部分。
QQ截图20150320230043.jpg
 楼主| 发表于 2015-3-21 23:21:19 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2015-3-20 23:02
我也不清楚你的这个到底怎么回事,可以下载新的1.7版本的pymol重新安装后试试。

这个是我的pymol的GUI部 ...

嗯,好嘞,谢谢耐性解答。赞!
 楼主| 发表于 2015-3-21 23:56:53 | 显示全部楼层
C15056981927 发表于 2015-3-21 23:21
嗯,好嘞,谢谢耐性解答。赞!

google 找到答案啦,谢谢!版本有缺陷。遇到类似问题的可参照解决 http://sourceforge.net/p/pymol/m ... 3uc@mail.gmail.com/
 楼主| 发表于 2015-3-21 23:57:15 | 显示全部楼层
换高级版本也行
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