如何查找特定种类酶抑制剂的小分子片段或R基团？

guod111

药物分子设计中，为了避免盲目的设计，能不能根据某一类酶，比如三氟甲基酮类化合物设计为丝氨酸蛋白酶抑制剂（有机药物化学原著第二版5.4.4.4节），有没有一些数据库可以方便的尽可能的查到这些所需的特定结构呢？
还请各位大神不吝赐教！

guod111

附有机药物化学电子版：The Organic Chemistry of Drug Design and Drug Action（2013）及国外药学专著译丛13-有机药物化学(原著第2版)(郭宗儒主译)链接: http://pan.baidu.com/s/1gdla3Dp 密码: 60bm

pesticide_ccnu

lx想做的大概是活性结构的拓展吧  也是药物设计中的一个十分常见的问题

我个人觉得有两个可行思路：

1.虚拟筛选

就是从化合物库中筛选有潜在活性的分子 可以到一些数据库用相似性搜索 或者亚结构搜索找到包含相似/相同亚结构的化合物进行筛选
推荐用ZINC啦 方便快捷 一步到位 这么筛的优点在于化合物比较易得 基本不存在合成上重大挑战

2.de novo设计

从头设计就是人为生成虚拟的分子 lz可以尝试一些碎片药物设计方法 将要保留的结构当做core（活性碎片）
通过expand（碎片拼接）做成虚拟分子 然后再通过打分函数来给虚拟分子打分 这个思路的优点在于结构
搜索空间更广泛 缺点在于某些命中化合物可能比较难以合成

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guod111

pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:15
lx想做的大概是活性结构的拓展吧  也是药物设计中的一个十分常见的问题

我个人觉得有两个可行思路：

多谢你的耐心解答，我记得以前看到过类似的网站，可以下载到各种酶的抑制剂sdf文件，zinc数据库的小分子能不能按照靶标分类呢？恕我无知，好像zinc数据库的都是压缩包，没有具体的分类吧？ de novo设计个人感觉对药化知识要求比较高，请问基于片段的分子设计有没有推荐的免费软件呢？

pesticide_ccnu

zinc里面好像不能按照靶标分类 但是zinc里并不只有筛选库可以下 也可以将搜索的结果保存下来 基于片段的设计可以尝试下autogrow2.0 ligbuilder 等软件 还有像ligmerge等
也可以尝试下 e-lead3d服务器 (http://chemoinfo.ipmc.cnrs.fr/) 和 我们课题组正在完善的AUTO_PFVS 服务器 （http://chemyang.ccnu.edu.cn/AUTO_PFVS/index.php）

guod111

pesticide_ccnu 发表于 2015-3-17 10:59
zinc里面好像不能按照靶标分类 但是zinc里并不只有筛选库可以下 也可以将搜索的结果保存下来 基于片段的设 ...

非常感谢，我试试，有不懂得再请教

hermes0220

guod111 发表于 2015-3-17 11:26
非常感谢，我试试，有不懂得再请教

您好，我也是刚学习模拟的，想请问怎么从ZINC筛选化合物，

guod111

hermes0220 发表于 2015-4-17 10:48
您好，我也是刚学习模拟的，想请问怎么从ZINC筛选化合物，

有骨架的话可以在线基于相似性搜索保存搜索结果，用来筛选，也可以挑选一个数据库文件下载，然后药效团匹配，对接