蛋白质三维结构模拟分子动力学优化结果判断指标是什么？

liliinjn · 发表于 2015-3-9 09:11:51

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DS蛋白质三维结构模拟时添加溶剂后进行分子动力学优化，从哪些指标来判断优化的效果？

北京-构效 · 发表于 2015-3-10 12:24:04

单纯机械的看可以用拉曼图。如果已知小分子的结合模式，可以用小分子的结合模式是否保留判断

liliinjn · 发表于 2015-3-10 15:17:53

北京-构效发表于 2015-3-10 12:24
单纯机械的看可以用拉曼图。如果已知小分子的结合模式，可以用小分子的结合模式是否保留判断 ...

谢谢您的回复！不知道小分子的结合模式。我做的优化好像拉氏图结果反倒变的更不好了，用profile-3D评估得分也下降了。用DS作的优化是不是看结果给的能量的变化，能量变小了就可以认为变好了？是不是优化完只要看能量变化，不用再去用profile-3D进行评估了？

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-11 01:22:23

如果你的序列和模板有很高的一致性，>80%,基本上就不用再去做分子动力学优化，那会让模型变得不合理。

liliinjn · 发表于 2015-3-11 10:10:14

川大-灰太狼发表于 2015-3-11 01:22
如果你的序列和模板有很高的一致性，>80%,基本上就不用再去做分子动力学优化，那会让模型变得不合理。 ...

同源性不够高，才50%，而且建模后评分也不高，所以才想优化的。

川大-灰太狼 · 发表于 2015-3-11 20:21:30

那你跑了多长时间？多少ns

xfk274280 · 发表于 2015-6-1 13:12:44

楼主和我做的一样，有解决方法了吗？

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[Discovery Studio] 蛋白质三维结构模拟分子动力学优化结果判断指标是什么？