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建模后,如何对特定区域的结构优化

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发表于 2015-1-28 22:31:47 | 显示全部楼层 |阅读模式

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无论是用DS还是SWISSMODEL建立的模型,评估时,均发现,都存在一个区域Verify Score得分低。Profile-3D的得分低。如何对这个区域进行优化呢?
用什么软件,哪一部分?
之前尝试过用DS进行分子动力学模拟,但是模拟后的结果,进行Profile-3D计算,得分低的区域更多了。
发表于 2015-1-29 17:23:08 | 显示全部楼层
yasara这个软件的结果非常的不错,基本做完就是95%以上了。鼓动你老板买个试试看。
发表于 2015-9-28 23:07:15 | 显示全部楼层
我觉得,如果只是个别区域不好,说明这个区域能量过高,存在碰撞。。依据我个人建议和观点,也未必要跑动力学。如果你做动力学,动力学也就是自己去模拟蛋白折叠过程,这样来寻找合适的分子构象。但正是因为你一跑动力学,也会有带很大未知因素影响,会把其它原本好的地方也给变动了。所以我推荐,直接把蛋白其它地方固定,把那个位点附近做个能量最小化就够了,一定会好很多,你可以试试。当然,你可以选择把蛋白其它地方给固定,把那个点位置附近的几个氨基酸跑跑动力学,免得动力学扰乱了整体蛋白结构。但这其实和我说的蛋白区域能量最小化就没什么区别了,我觉得是这样的。反正都是信息学预测,有时候也很难说谁最终的结果更准确。也就是说,动力学也不见得就对,有时候未必有同源模建,一开始的结构好,越跑越坏也是有可能的。因为动力学引入的东西太复杂,影响因素一变多,又都是理论的,未必准确。

欢迎大家来辨论,我也学点知识。
发表于 2015-9-28 23:07:31 | 显示全部楼层

我觉得,如果只是个别区域不好,说明这个区域能量过高,存在碰撞。。依据我个人建议和观点,也未必要跑动力学。如果你做动力学,动力学也就是自己去模拟蛋白折叠过程,这样来寻找合适的分子构象。但正是因为你一跑动力学,也会有带很大未知因素影响,会把其它原本好的地方也给变动了。所以我推荐,直接把蛋白其它地方固定,把那个位点附近做个能量最小化就够了,一定会好很多,你可以试试。当然,你可以选择把蛋白其它地方给固定,把那个点位置附近的几个氨基酸跑跑动力学,免得动力学扰乱了整体蛋白结构。但这其实和我说的蛋白区域能量最小化就没什么区别了,我觉得是这样的。反正都是信息学预测,有时候也很难说谁最终的结果更准确。也就是说,动力学也不见得就对,有时候未必有同源模建,一开始的结构好,越跑越坏也是有可能的。因为动力学引入的东西太复杂,影响因素一变多,又都是理论的,未必准确。

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