建模后，如何对特定区域的结构优化

秋水若寒

无论是用DS还是SWISSMODEL建立的模型，评估时，均发现，都存在一个区域Verify Score得分低。Profile-3D的得分低。如何对这个区域进行优化呢？
用什么软件，哪一部分？
之前尝试过用DS进行分子动力学模拟，但是模拟后的结果，进行Profile-3D计算，得分低的区域更多了。

lrf1980

yasara这个软件的结果非常的不错，基本做完就是95%以上了。鼓动你老板买个试试看。

gytjyb

我觉得，如果只是个别区域不好，说明这个区域能量过高，存在碰撞。。依据我个人建议和观点，也未必要跑动力学。如果你做动力学，动力学也就是自己去模拟蛋白折叠过程，这样来寻找合适的分子构象。但正是因为你一跑动力学，也会有带很大未知因素影响，会把其它原本好的地方也给变动了。所以我推荐，直接把蛋白其它地方固定，把那个位点附近做个能量最小化就够了，一定会好很多，你可以试试。当然，你可以选择把蛋白其它地方给固定，把那个点位置附近的几个氨基酸跑跑动力学，免得动力学扰乱了整体蛋白结构。但这其实和我说的蛋白区域能量最小化就没什么区别了，我觉得是这样的。反正都是信息学预测，有时候也很难说谁最终的结果更准确。也就是说，动力学也不见得就对，有时候未必有同源模建，一开始的结构好，越跑越坏也是有可能的。因为动力学引入的东西太复杂，影响因素一变多，又都是理论的，未必准确。

欢迎大家来辨论，我也学点知识。

gytjyb

我觉得，如果只是个别区域不好，说明这个区域能量过高，存在碰撞。。依据我个人建议和观点，也未必要跑动力学。如果你做动力学，动力学也就是自己去模拟蛋白折叠过程，这样来寻找合适的分子构象。但正是因为你一跑动力学，也会有带很大未知因素影响，会把其它原本好的地方也给变动了。所以我推荐，直接把蛋白其它地方固定，把那个位点附近做个能量最小化就够了，一定会好很多，你可以试试。当然，你可以选择把蛋白其它地方给固定，把那个点位置附近的几个氨基酸跑跑动力学，免得动力学扰乱了整体蛋白结构。但这其实和我说的蛋白区域能量最小化就没什么区别了，我觉得是这样的。反正都是信息学预测，有时候也很难说谁最终的结果更准确。也就是说，动力学也不见得就对，有时候未必有同源模建，一开始的结构好，越跑越坏也是有可能的。因为动力学引入的东西太复杂，影响因素一变多，又都是理论的，未必准确。

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