如何看待docking后的minimization

雨枫

   用DS的CDOCKER docking，模型评估显示模型可用，用minimization做了优化，分析了一下优化前后的相互作用图，如下

优化后

优化前

相互作用力不一样呀，该采用优化前的模型还是优化后的模型呢？

   谢谢

北京-构效

这个怎么活性位点都变了？

川大-灰太狼

一般来说，应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基，为什么一个电离，另外一个不电离？

雨枫

北京-构效 发表于 2012-11-12 16:19

                               
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这个怎么活性位点都变了？

是呀是呀，所以很疑惑

雨枫

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 16:23

                               
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一般来说，应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基，为 ...

什么意思？不都是电负性吗？

川大-灰太狼

雨枫 发表于 2012-11-12 18:43

                               
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什么意思？不都是电负性吗？

一般对接前都要对小分子进行处理！包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷（电离情况）等。

雨枫

川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 20:45

                               
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一般对接前都要对小分子进行处理！包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷（电离情况）等。 ...

我没有处理呀，直接从pdb下载下来，赋予立场就对接了，应该怎么处理呢？

川大-灰太狼

雨枫 发表于 2012-11-13 15:29

                               
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我没有处理呀，直接从pdb下载下来，赋予立场就对接了，应该怎么处理呢？ ...

你如果使用的是DS，看看DS的相关资料，都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题，如果是重对接，那么可以不用管，使用晶体结构里面的就行了。

雨枫

川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 16:19

                               
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你如果使用的是DS，看看DS的相关资料，都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题，如果是重对接， ...

好的，谢谢哦

恒等式

这个图是怎么做的
？