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[Discovery Studio] 如何看待docking后的minimization

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发表于 2012-11-12 14:42:30 | 显示全部楼层 |阅读模式

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   用DS的CDOCKER docking,模型评估显示模型可用,用minimization做了优化,分析了一下优化前后的相互作用图,如下

优化后

优化后

优化前

优化前


相互作用力不一样呀,该采用优化前的模型还是优化后的模型呢?

   谢谢
发表于 2012-11-12 16:19:56 | 显示全部楼层
这个怎么活性位点都变了?
发表于 2012-11-12 16:23:12 | 显示全部楼层
一般来说,应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基,为什么一个电离,另外一个不电离?

 楼主| 发表于 2012-11-12 18:41:33 | 显示全部楼层
 楼主| 发表于 2012-11-12 18:43:35 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 16:23
一般来说,应该是采用优化后的构象。优化后小分子与蛋白的结合作用力更好。

不过你的小分子有两个羧基,为 ...

什么意思?不都是电负性吗?
发表于 2012-11-12 20:45:46 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2012-11-12 18:43
什么意思?不都是电负性吗?

一般对接前都要对小分子进行处理!包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷(电离情况)等。
 楼主| 发表于 2012-11-13 15:29:39 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2012-11-12 20:45
一般对接前都要对小分子进行处理!包括分子的手性、立体异构体、湖边异构体、电荷(电离情况)等。 ...

我没有处理呀,直接从pdb下载下来,赋予立场就对接了,应该怎么处理呢?
发表于 2012-11-13 16:19:30 | 显示全部楼层
雨枫 发表于 2012-11-13 15:29
我没有处理呀,直接从pdb下载下来,赋予立场就对接了,应该怎么处理呢? ...

你如果使用的是DS,看看DS的相关资料,都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题,如果是重对接,那么可以不用管,使用晶体结构里面的就行了。
 楼主| 发表于 2012-11-13 16:30:46 | 显示全部楼层
川大-灰太狼 发表于 2012-11-13 16:19
你如果使用的是DS,看看DS的相关资料,都有配体预处理的。当然要看你是想解决的什么问题,如果是重对接, ...

好的,谢谢哦
发表于 2014-6-14 21:37:38 | 显示全部楼层
这个图是怎么做的
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