虚拟筛选遇到的问题

Cuizhen

大家好，做虚拟筛选目前遇到了一个问题，阐述如下，希望得到大家的帮忙，非常感谢。

有个蛋白具有晶体结构，活性位点也清楚，目前还没有蛋白和配体的共结晶结构，现在想根据蛋白质结构做虚拟筛选。我用软件（MOE）自动找到包括活性位点的结合位点或口袋，然后做虚拟筛选。看了打分靠前的100多个小分子与蛋白的结合情况，没有发现小分子和蛋白的活性位点有非共价键结合的情况。现在的问题是：

1.      根据与活性位点有结合为条件做虚拟筛选，合理吗？还是选择包括活性位点的口袋做更合适？

2.      小分子和蛋白的活性位点有非共价键结合，这个小分子才可能是有潜力的抑制剂吗？

fanc232

川大-灰太狼 发表于 2015-1-8 20:06
2、小分子与蛋白氨基酸残基的相互作用，不仅仅是氢键作用，还有疏水、π-π堆积、静电相互作用等分子间相互 ...

您好，我想请教一个问题，就是那个派派堆积......按道理说，电子云都带负电，应当是相互排斥的；有些书里说派电子云像一圈轮胎一样，轮胎中间是偏正电的。于是我就遇到了两个问题：第一个，既然没有要求整体必须呈电中性，为什么一圈派电子云中间得带正电性？第二个，如果派派堆积力跟正电性有关，为什么不划分到静电相互作用里面去？
还有我很奇怪的一件事，就是看过很多相关的专业书，好像介绍非共价相互作用的时候，都没单独提过派派堆积力，还是我到维基百科上才发现有这个作用力的。

fireflying

fanc232 发表于 2015-1-10 09:42
是我说得不对，电子是带负电的，电子云是电子出现频率比较高的区域。我问的问题本身就有很低级的错误。 ...

pi-pi堆积时两个苯环是错位排列的，苯环上的氢原子位于另一苯环的中心。从基于点电荷的静电作用方式解释，带正电的氢原子与带负电的苯环碳原子的静电作用有利于体系的稳定。从分子轨道的角度来说，氢原子的空轨道可以接收苯环上共轭的pi电子。苯环上不同的取代基对pi-pi作用的强度有影响，根据取代基的给/吸引电子的性质。

川大-灰太狼

fanc232 发表于 2015-1-9 10:04
您好，我想请教一个问题，就是那个派派堆积......按道理说，电子云都带负电，应当是相互排斥的；有些书里 ...

“电子云都带负电，应当是相互排斥的”，电子云都带负电？什么意思呢 呵呵，电子云是电子出现的几率，不存在带电一说。π-π堆积 是说的电子的离域效应，电子离域使得整体的能量降低，达到一个更加稳定的状态。

川大-灰太狼

1、可以采用软件预测的配体结合位点，也可以使用催化活性中心作为配体的结合位点（前提是蛋白的功能是否能通过竞争性的结合到催化活性中心而被抑制）。）。

川大-灰太狼

1、可以采用软件预测的配体结合位点，也可以使用催化活性中心作为配体的结合位点（前提是蛋白的功能是否能通过竞争性的结合到催化活性中心而被抑制）。）。

川大-灰太狼

2、小分子与蛋白氨基酸残基的相互作用，不仅仅是氢键作用，还有疏水、π-π堆积、静电相互作用等分子间相互作用。

不经意间的呐喊

非共价键的键合类型有:范德华力、氢键、疏水键、静电引力、电荷转移复合物、偶极相互作用力等。怎么可能会没有非共价键呢？可能没有观察到氢键而已. 氢键是重要的，但不是必须的。一般都会形成氢键作用。你看看你活性口袋周围的氨基酸类型。

fanc232

川大-灰太狼 发表于 2015-1-9 23:32
“电子云都带负电，应当是相互排斥的”，电子云都带负电？什么意思呢 呵呵，电子云是电子出现的几率，不 ...

是我说得不对，电子是带负电的，电子云是电子出现频率比较高的区域。我问的问题本身就有很低级的错误。谢谢指教！。我刚从图书馆借到一本物理化学方面的书，好好去查查派派堆积的章节。

fanc232

fireflying 发表于 2015-1-10 19:12
pi-pi堆积时两个苯环是错位排列的，苯环上的氢原子位于另一苯环的中心。从基于点电荷的静电作用方式解释 ...

学习了。