生物分子模拟论坛

 找回密码
 我想注册

QQ登录

只需一步,快速开始

扫一扫,访问微社区

查看: 3485|回复: 5

Tyrosinase 建模尝试 (二)

[复制链接]
发表于 2014-12-28 09:55:17 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,下载更多分子模拟资源。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?我想注册

x
本帖最后由 lrf1980 于 2014-12-30 20:26 编辑

前段时间发了一部分Tyrosinase建模的过程,很抱歉,最近没有好好的把剩下的过程整理出来。今天得空整理了一下。
在上一篇帖子里提到,因为tyrosinase里有一大段loop里口袋区很远,可能对最后我们需要的口袋结构在建模过程中不会有太大的影响,所以,将这部分的区域做了一个假设性删除。并重新生成了一个新的序列建模。两个模型建好后,我们就可以按照阿里说的利用SAVES服务器对模型进行评估,并且得到需要进一步优化的区域。

1. 首先我们可以看看裁剪大段loop前后的SAVES服务器出的ERRAT2结果。
裁剪前,总得分为57.585, 整个蛋白质中有大概11个区域的残基建模质量差。需要我们一个个去优化,这个过程可能非常的难
裁剪后,总得分为50.498, 得分稍微下降了。但是整个蛋白质约有9个区域的残基建模质量差。从连续性上看,大区域只有5个。那个这就大大降低了我们优化的难度。另外,在这里,我用了sybyl的minimization对裁剪后的蛋白质做了一个能量优化,发现优化后对结果的改进有很大的提高。总得分从50.498 提高到76.667. 整个蛋白质也只有3个区域的残基质量不好。所以在建完模后先对结构进行能量优化,再继续用modeller对局部做优化,可能会是一个不错的方法。

2. 然后我们以做过能量优化的模型作为模版,开始对其进行特定区域的优化。首先是loop的优化,就用loop-refine这个脚本对残基142-152这段loop进行优化。选用模块m.loop.md_level = refine.slow,在建好的模型中挑选质量最好的模型提交到SAVES上,我们可以看到ERRAT2的打分有了进一步的提高,从76.667上升到了80.333, 而且142-152残基质量已经处在可以接受的范围了。

3.我们继续用上一步生成的质量最好的模型做模版,来对另外两个区域的残基优化。这次我们还是用loop-refine这个脚本对残基268-280这段loop进行优化,仍然选用m.loop.md_level = refine.slow,然后重复SAVES评估,总得分并没有多大的提高,只从80.333提高到82.000,但该区域的大部分残基度都在可接受的范围。


4. 最后用model-segment这个脚本对49-54区域的残基优化,因为该段区域不是loop,所以不能用loop-refine来做优化。最后的结果有点出乎意料,SAVES评估结构并没有明显改善,打分和是区域的残基都没有改善。这个情况下,估计再用modeller也无济于事,所以最后在用sybyl做一次能量最小化。SAVES的总体得分到了91.379,整个蛋白质也只有特殊的几个氨基酸残基的结果是不理想的。


5. 通过这么几步的工作,整体来讲我们完成了从基本的模型建立到最后的优化,从50.498的得分,优化到了91.379。结果还是可以接受。整个过程我们用到了modeller及sybyl的minimization。这么比较下来,不得不说yasara这个软件还是相当的不错。只要提交序列,剩下的它全部自动搞定,而且最重要的,结构优化,能量优化,甚至还有将蛋白质模型放入水盒子里来进一步的优化。大家有机会可以尝试一下modeller的整个过程,或者试试yasara的同源建模,然后比较一下。


有问题站内信件联系。





full tyrosinase

full tyrosinase

cut loop

cut loop

minimize energy

minimize energy

loop refine 1

loop refine 1

loop refine 2

loop refine 2

model-segment

model-segment

final minimize

final minimize
发表于 2014-12-29 09:55:52 | 显示全部楼层
非常详细的modeller的loop优化和比较过程!
 楼主| 发表于 2014-12-29 19:55:10 | 显示全部楼层
本帖最后由 lrf1980 于 2014-12-29 20:07 编辑
川大-灰太狼 发表于 2014-12-29 09:55
非常详细的modeller的loop优化和比较过程!

哈哈,得到灰大大的认可我很是受鼓舞啊。:)
发表于 2014-12-30 10:25:25 | 显示全部楼层
lrf1980 发表于 2014-12-29 19:55
哈哈,得到灰大大的认可我很是受鼓舞啊。:)

YASARA模建的结果如何呢?文中只是提及到了,但没有看到比较。
发表于 2015-1-13 16:39:20 | 显示全部楼层
版主,我想咨询一下你是如何区分loop还是片段的呢?》
 楼主| 发表于 2015-1-14 10:15:06 | 显示全部楼层
kangsgo 发表于 2015-1-13 16:39
版主,我想咨询一下你是如何区分loop还是片段的呢?》

你可以根据残基的你需要优化的残基编号来看,比方说48-58, 你不了解是loop还是片段,那么你把建模好的模型用pymol打开,然后select resi 48-58, 你就可以观察这段区域是loop还是片段。这种方法的判断是建立在你已经有模型,但是也有不确定性,因为一旦模型不合适,那么就会判断错误,所以有很多的软件能够做一个氨基酸序列的二级结构预测,你把这个二级预测的结果结合起来,基本就可以判断出来了。
您需要登录后才可以回帖 登录 | 我想注册

本版积分规则

QQ|分迪科技|小黑屋|手机版|Archiver|生物分子模拟论坛 ( 蜀ICP备14009200号-3 )

GMT+8, 2024-3-29 18:56 , Processed in 0.074827 second(s), 22 queries .

Powered by Discuz! X3.4

Copyright © 2001-2020, Tencent Cloud.

快速回复 返回顶部 返回列表