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[YASARA] 复合物yasara运行MD时报错

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发表于 2014-12-26 10:08:01 | 显示全部楼层 |阅读模式

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今天试用yasara跑复合物的MD(300多氨基酸的蛋白加六糖小分子),在加完立场之后,运行pka prediction提示报错,附图。哪位大神帮忙解决下。谢谢
20141226100609.png
 楼主| 发表于 2014-12-30 16:21:55 | 显示全部楼层
问题已解决啦。我自己来回答下吧。将重复的糖环交联原子选中之后,点击右键,split, atoms. 就OK了。。。
发表于 2014-12-30 17:33:04 | 显示全部楼层
嗯,是这个方法,yasara里面设置了糖环的立场的,这样做的好处是可以支持多糖,不用去为每个糖准备一个立场!

感觉yasara跑蛋白和糖的MD如何?
 楼主| 发表于 2014-12-30 17:43:40 | 显示全部楼层
上手超级快啊再也不同担心糖的立场而繁琐准备小分子文件啦,强烈推荐啊
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