rosetta从头算

tonett · 发表于 2014-12-18 14:14:37

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我想咨询下rosetta能暂停运算再执行么？我在做从头建模，想暂停在restart。还有rosetta可以并行，请问有人知道如果使用并行该如何加命令么。O(∩_∩)O谢谢

tonett · 发表于 2014-12-23 10:18:56

解决咯哈哈

victory_liu · 发表于 2015-6-4 10:21:04

自问自答啊，说说分享一下经验啊

xubest · 发表于 2015-7-19 19:02:27

有一个flag叫 “ -multiple_processes_writing_to_one_directory”, 然后就可以submit job了，如果submit了十次，就有十个job同时运行，每个job会在运行的目录里显示一个*_001.in_progress, *_002.in_progress, ... *_010.in_progress的文件，程序里的一个叫job distributor的东西会自动安排。现在也有可以用MPI了，但是Rosetta和MD模拟不一样，MPI在Rosetta里实际上是没有必要的。有什么问题我们再探讨。

laoman · 发表于 2015-7-19 21:09:56

xubest 发表于 2015-7-19 19:02
有一个flag叫 “ -multiple_processes_writing_to_one_directory”, 然后就可以submit job了，如果submit ...

想楼主从头算的体系有多大，我的有460+的残基数量，从头算来模建可行吗？Rosetta的MPI好像只支持openmpi和mpich2，但确实如楼主所说是不必要的，并行计算的任务和串行的是一样的速度……

tonett · 发表于 2015-7-24 20:32:48

laoman 发表于 2015-7-19 21:09
想楼主从头算的体系有多大，我的有460+的残基数量，从头算来模建可行吗？Rosetta的MPI好像只支持openmpi ...

我的才几十个。你的比较大。我用的是intel MPI

tonett · 发表于 2015-7-24 20:36:13

victory_liu 发表于 2015-6-4 10:21
自问自答啊，说说分享一下经验啊

之前没安装好rosetta的并行。安装好以后命令用并行的就可以咯

laoman · 发表于 2015-7-25 09:57:29

tonett 发表于 2015-7-24 20:32
我的才几十个。你的比较大。我用的是intel MPI

intel哪个版本的mpi？后缀不都是gccrelease麽……

tonett · 发表于 2015-7-26 20:19:52

laoman 发表于 2015-7-25 09:57
intel哪个版本的mpi？后缀不都是gccrelease麽……

×.mpi.linuxgccrelease

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