求助关于autodock柔性对接方法！

qiyenaihe

如题，新手才用autodock没多久，刚性对接大概会了，但是柔性对接不知道怎么弄，柔性残基该怎么设置啊。。。。

fanc232

您好，参见官网下载的Autoock4.2.5_User Guide第29页。我好久不用autodock了，刚才就是看了你的问题又去看了看usr guide，得出这个答案，不一定对，你先试试哈。估计得另外准备一个pdbqt文件，按照usr guide上面的格式，复制pdb文件里柔性氨基酸残基的原子坐标到那个pdbqt文件里面去。一般只有氨基酸残基的侧链是柔性的，位于骨架上的几个原子（阿尔法碳原子，形成肽键的N原子和C原子之类）一般都是刚性的，所以再参照说明书，把刚性的原子指定为root，贴上坐标，就行了吧。建好pdbqt文件以后，回头到刚性蛋白质pdbqt文件里面把柔性氨基酸残基的坐标删掉（omitted）。运行命令行的时候应该有选项，让你指定柔性pdbqt文件的。