盐桥问题

CDD

大侠们：
我想知道我的glu是不是与其4A范围内的r或k形成了盐桥了，
还有，怎么查看蛋白中的二硫键呢，怎么知道cys是不是和其他cys形成了二硫键了呢，
ds中咋操作啊

大工-阿里巴巴

哈哈~今天在群里回答了你的第一个问题了~有时间把答案贴上来吧~~~

中大-活性小肽

我来说一下第二个问题吧：
①如果只要知道某两个半胱氨酸之间是否形成了二硫键，不必使用任何分子可视化程序，你所需要做的仅仅是用一个文本编辑器打开该pdb文件，然后在里面按关键字 “ssbond” 进行搜索就可以找到你要的信息了。或者，如果你在使用Linux的话就更简单了，直接用grep命令就可以完成。
②至于要显示你找到的二硫键，这也不难，只需要选中这两个相应的半胱氨酸，然后将其显示模型改为类似球棍模型之类的显示模式即可（在cartoon模型下是无法显示二硫键的）。至于说在DS中直接显示二硫键目前我还发现什么快捷的方式。另外，打开sequence> show sequence菜单可以帮你更快的找到想要的半胱氨酸。谢谢~

SYPHU_me

知道形成disulfide与否的目的是什么？学习一下

大工-阿里巴巴

SYPHU_me 发表于 2012-11-10 18:14

                               
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知道形成disulfide与否的目的是什么？学习一下

与蛋白的热稳定性相关，哈哈

SYPHU_me

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-10 19:04

                               
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与蛋白的热稳定性相关，哈哈

谢谢阿里哈哈！其实偶还是没太明白，能再详细点不嘿嘿！形成二硫键就稳定，是吗？

大工-阿里巴巴

SYPHU_me 发表于 2012-11-10 22:49

                               
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谢谢阿里哈哈！其实偶还是没太明白，能再详细点不嘿嘿！形成二硫键就稳定，是吗？ ...

蛋白在高温下失活其实是变成了非折叠态(unfold),二硫键本质上也是cys之间的共价作用，其存在在通常情况下可以降低非折叠态的熵，所以对蛋白质的稳定性有积极的贡献。可参见：http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.24371/full

CDD

大工-阿里巴巴 发表于 2012-11-9 20:32

                               
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哈哈~今天在群里回答了你的第一个问题了~有时间把答案贴上来吧~~~

刚看到，阿里哥

CDD

中大-活性小肽 发表于 2012-11-10 17:16

                               
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我来说一下第二个问题吧：
①如果只要知道某两个半胱氨酸之间是否形成了二硫键，不必使用任何分子可视化程 ...

谢谢啦，不知道怎么赠豆豆以表达谢意

CDD

qian430 发表于 2014-1-2 20:13

                               
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话说我在等待第一个问题的答案

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