各位大侠，求助蛋白质-小分子互作分子模拟

lg214 · 发表于 2014-11-17 19:19:36

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各位好。我想寻找一个已知小分子物质（分子量300 g/mol左右）的受体，现在通过测序找到一些候选的互作蛋白40个左右，这些蛋白质目前没有现成的晶体结构，只有氨基酸序列。请问各位资深论坛朋友，是否需要先同源建模然后，分别再做分子对接啊？还是采用别的方式更加有效呢？

最近看到有的地方说可以用Reverse docking(反向分子模拟)的方式，还是不知道怎么操作。请求大师指点。
坐等回复。不胜感激！

川大-灰太狼 · 发表于 2014-11-17 19:42:01

逆向分子对接可以做，但你的问题比这个估计还要复杂。第一步应该是蛋白三维结构模建！其次是蛋白上面的活性位点的预测，最后才能是分子对接。

lrf1980 · 发表于 2014-11-17 20:19:13

本帖最后由 lrf1980 于 2014-11-19 20:04 编辑

很好奇楼主的通过测序找到候选的蛋白质，能详细说明一下过程么？如何根据已知分子结构，通过测序来找到潜在的蛋白质靶点？

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