model with Ligand 的语法

lrf1980 · 发表于 2014-11-13 10:14:38

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哪位能帮忙具体解释一下建模时，希望把模板中的配体包含到模型中的语法？
看modeller的网站上是在alignment 的ali里面在模板及蛋白序列后使用/..*来引入配体。但是我的一个例子每次用/..*就报错，而用/.*就不报错。这两个之间的差别在哪里？ /.*也是正确的表达么？

lrf1980 · 发表于 2014-11-13 14:17:39

本帖最后由 lrf1980 于 2014-11-13 14:19 编辑

接上面的问题，在modeller的网站上，有这么一个ali的例子，这个例子生成的脚本如何写？好像用align2d.py 和salign.py都不能生成这样的ali。
Example: examples/automodel/align-ligand.ali

C; Similar to alignment.ali, but with ligands included

>p1;5fd1
structureX:5fd1:1 :A:108 :A:ferredoxin:Azotobacter vinelandii: 1.90: 0.19
AFVVTDNCIKCKYTDCVEVCPVDCFYEGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELA
EVWPNITEKKDPLPDAEDWDGVKGKLQHLER..*

>p1;1fdx
sequence:1fdx:1 : :56 : :ferredoxin:peptococcus aerogenes: 2.00:-1.00
AYVINDSC--IACGACKPECPVNIIQGS--IYAIDADSCIDCGSCASVCPVGAPNPED-----------------
-------------------------------..*

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